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中央补助公共卫生专项资金是中央财政为提高公共卫生服务水平、建立公共卫生服务体系而设立的专项资金。管理好公共卫生专项资金对于促进基本公共卫生服务逐步均等化、保证社会公共卫生事业的持续发展具有重大意义。本文依据公共卫生专项资金的管理原则,从现有的公共卫生专项资金管理方式和现状出发,分析了财政部门和项目实施单位在专项资金管理中存在的问题,并提出了建议和对策。