【摘 要】
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壳聚糖酶是制备低聚壳聚糖的关键酶.本研究对已报道可培养微生物的壳聚糖酶序列特征进行分析,筛选出海洋宏基因组测序数据中的新假定壳聚糖酶.应用结构模建和分子对接的方法
【机 构】
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青岛农业大学食品科学与工程学院 山东青岛 266109青岛农业大学生命科学学院 山东青岛 266109;中国农业科学院农产品加工研究所 北京 100193;
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壳聚糖酶是制备低聚壳聚糖的关键酶.本研究对已报道可培养微生物的壳聚糖酶序列特征进行分析,筛选出海洋宏基因组测序数据中的新假定壳聚糖酶.应用结构模建和分子对接的方法探讨假定壳聚糖酶的催化机制.结果表明:1)已报道的214个已知壳聚糖酶主要分布在GH46(201),GH8(7),GH75(3),GH5(2)和GH3(1)家族.氨基酸长度、分子质量和等电点分别集中于200～400 aa,20～40 ku和4.0～7.0;2)从海洋宏基因组测序数据中共获得237个假定壳聚糖酶,分布在GH8(13),GH46(27),GH5(85),GH3 (100),GH18(3),GH25(2),GH10(1),GH30(1),GH35(2),GH42(1),GH77(1),GH16(1)家族.这些新酶序列与已知壳聚糖酶相似度低,其一级结构关键区域保守,结构域、氨基酸长度、分子质量和等电点与已知壳聚糖酶相似;3)应用I-TASSER对来源于4个不同家族的蛋白序列进行结构模建,发现与已知壳聚糖酶的结构相似,用autodock与壳寡糖进行分子对接,从理论上验证了海洋宏基因组新壳聚糖酶的功能.
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