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目的
明确乙型肝炎病毒(HBV)大表面蛋白前S1区(PreS1)两个重要表位在中国乙型肝炎患者群中的基因型分布,探讨两表位基因型之间及两表位基因型与PreS1全长基因型之间的相关性,确定能否根据关键表位的多肽序列判断PreS1全长基因型。
方法从患者血清中提取HBV DNA进行PCR扩增,对扩增成功的278例样本进行DNA测序,并与GenBank中已知的HBV序列比对,确定HBV大表面蛋白PreS1的两个关键表位(第21~47号氨基酸表位和第94~117号氨基酸表位,分别简称为P21表位和P94表位)基因型及PreS1全长基因型,并对3组基因分型结果进行一致性分析。一致性检验采用Kappa分析。
结果成功测序232例样本。根据P21表位蛋白序列的分型结果为:C基因型201例,B基因型23例,基因型不确定8例。根据P94表位蛋白序列的分型结果为:C基因型199例,B基因型25例,基因型不确定8例。根据PreS1全长序列的分型结果为:C基因型207例,B基因型25例。P21表位基因分型和P94表位基因分型与PreS1全长基因分型结果均高度一致,分别为96.55%和96.12%(Kappa值分别为0.841,0.826),且两表位的基因分型结果也具有很好的一致性(93.10%,Kappa值为0.718)。
结论本研究创新性地提出基于关键表位氨基酸序列的基因分型方法,验证了中国乙型肝炎患者群的HBV基因型以B和C基因型为主,且HBV PreS1关键保守表位的基因分型结果与全长基因分型结果具有高度一致性(> 96%),可以采用一个或两个关键保守表位的基因分型代替全长基因分型。