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1978年昆明医学院筹建口腔医学系。1979年口腔医学系开始招收五年制本科学生,开启了云南省口腔医学本科教育的新纪元,为云南省口腔医学教育事业的持续发展奠定了坚实的基础。1986年开始招收硕士研究生。2000年口腔医学系更名为口腔医学院。2010年,云南省医学高等专科学校口腔系并入学院。口腔医学专业于2003年成为一级学科硕士学位授权点,2011年被遴选为一级学科博士学位授权点建设学科。如今已建成了包含五年制本科生、硕士研究生、博士研究生、留学生及继续教育在内的多层次人才培养体系,形成了具有自身特色的人才