【目的】明确吐鲁番地区西瓜花叶病毒(WMV)、小西葫芦黄化花叶病毒(ZYMV)、南瓜蚜传黄化病毒(CABYV)的发生情况及三种病毒不同来源分离物间的遗传差异。【方法】采用分子检测方法,确定吐鲁番地区甜瓜CABYV、WMV、ZYMV的侵染比例,应用序列比对及构建系统发育树分析三种病毒,吐鲁番分离物与国内外其他分离物间遗传差异。【结果】吐鲁番地区40份病毒病样中WMV、ZYMV、CABYV分子检测阳性比例分别达87.5%、50%、30%。ZYMV吐鲁番分离物等部分国内外分离物NIB与CP蛋白之间存在蛋白切割位点Q/S,WMV、ZYMV吐鲁番分离物等部分国内外分离物DAG基序的氨基酸序列均为DAG。依据系统发育树分析将三种病毒吐鲁番分离物分别划分至不同的亚组。【结论】WMV、ZYMV为吐鲁番地区甜瓜病毒病的优势毒原,CABYV为吐鲁番地区甜瓜病毒病的主要病毒之一。CABYV、WMV吐鲁番分离物与国内部分省份分离物亲缘关系更近,ZYMV吐鲁番分离物XJturufan2与东欧、中东国家的分离物亲缘关系更近,ZYMV吐鲁番分离物XJturufan与国内部分省份分离物及美国、西班牙、日本等国分离物亲缘关系更近。