微生物的好气分解是堆肥腐熟的重要保证，凡是影响微生物活动的因素都会影响堆肥腐熟的效果。主要包括：水分、空气、温度、堆肥材料的C/N比和酸碱度 ，其中堆肥材料的C/N比是影响腐熟程度的关键。
　　
　　 1.有机质含量 有机质含量低的物质发酵过程中所产生的热将不足以维持堆肥所需要的温度，并且产生的堆肥由于肥效低而影响销路问题；过高的有机物含量又将给通风供氧带来影响，从而产生厌氧和发臭；堆肥中最合适的有机物含量约为20%～80％之间。
　　
　　 2.碳氮比原料碳氮比过高，碳多氮乏，微生物的发展受到限制，有机物的分解速度就慢、发酵过程就长。容易导致成品堆肥的碳氮比过高，这样堆肥施入土壤后，将夺取土壤中的氮素，使陷入“氮饥饿”状态，会影响作物生长。原料碳氮比低于20 : 1，碳少，氮剩，则氮将变成氨态氮而挥发，导致氮元素大量损失而降低肥效。保证成品堆肥碳氮比为10~20:1和在堆肥过程理想的分解速度，堆肥原料的碳氮比为25~40（生活垃圾碳氮比一般在24 : 1左右）。
　　
　　 3.水分 在堆肥过程中，按重量计50%～60％的含水率最有利于微生物分解，水分超过70％，温度难以上升，分解速度明显降低。因为水分过多，使堆肥物质粒子之间充满水，有碍于通风，从而造成厌氧状态，不利于好氧微生物生长并产生H2S等恶臭气体。水分低于40％不能满足微生物生长需要，有机物难以分解。
　　
　　 4.温度 堆体温度的作用主要是影响微生物的生长，一般认为高温菌对有机物的降解效率高于中温菌，现在的快速、高温好氧堆肥正是利用了这一点。外界环境温度过低要考虑覆盖保温、接种热源。
　　
　　 5. C/P一般要求堆肥料的C/P在75～150为宜。增加无机磷（包括易溶和难溶磷肥）主要目的是通过堆肥使无机磷转化为有机磷或磷酸根，通过金属元素（如Ca或Fe）与有机酸，如腐殖质酸形成三元复合体，达到减少磷肥直接施用造成的土壤固定作用；难溶磷肥（磷矿粉）可以通过堆肥过程达到提高溶解度的目的。
　　
　　 6. pH 一般微生物最适宜的pH值是中性或弱碱性，pH值太高或太低都会使堆肥处理遇到困难。在堆肥初始阶段，由于有机酸的生成，pH值下降（可降至5.0），然后上升至8～8.5左右，如果废物堆肥成厌氧状态，则pH值继续下降。此外，pH值也会影响氮的损失，因pH值在7.0时，氮以氢氧化氨的形式逸入大气。但在一般情况下，堆肥过程有足够的缓冲作用，能使pH值稳定在可以保证好氧分解的酸碱度水平。