16世纪初，澳门已是东南亚各国来华贸易的中转站。当时的澳门半岛只不过是几座山头及村落组成的荒芜小村。最初葡萄牙人於离澳三十多公里的浪白澳，从事季节性贸易。由於水土甚恶，难以久驻，距广州较远，贸易相当不便，於是葡萄牙人开始觊觎位於珠江口、与大陆一径相通的蚝镜澳。到1557年不断有葡萄牙人以蚝镜澳为固定的停泊地，在沿海的西南部一带筑室聚居，形成了以花王堂为中心的葡萄牙人居留区。
　　随着葡萄牙人愈来愈多，居澳葡人为加强对社区的管理，於1560年选出驻地首领、法官和四位较具权威的商人组成一个委员会处理社区内部事务。1583年在里安度沙主教的倡议和主持下，居澳葡人首次进行选举，决定根据葡萄牙的城市自治制度成立了议事会，又称议事公局，使居澳葡人的居留区域升格为具自治权的城市。自此，由一班在澳门居住多年及在澳门出生的葡萄牙人挤身澳门议事会，掌握着澳门葡萄牙居留区域的自治权。
　　为了有效地行使中国对澳门的主权，明朝政府不断加强对葡萄牙人的管辖，包括在澳门设立提调、备倭、巡缉等其各司其责管理蚝镜澳的官方机构：提调又称守澳官，是蚝镜澳最高行政长官；备倭专门负责在各港口管理外国船只、海上巡讯及保卫港口；巡缉则负责澳内部治安。此外，於城内设立议事亭，作为中国官员向蚝镜澳的葡萄牙人宣读明廷政令、以及双方官员商政务的场所。1574年，明朝政府在澳门半岛通向香山县的咽喉——莲花茎中央建立一座关闸（今三角花园位置），设一员把总领兵六百防守。每月开关六次，供应澳门的酒米食物一律按照人数限定数量，而且都“由官与之市，不容奸民私济”，以控制澳葡当局。历史事件一再证明，当葡萄牙人一有不法行为，中国官府只要封闭关闸，断绝粮食供应，就可以迫使澳葡就范。这一措施在此後的数百年间，一直是中国约束澳葡当局最有效的办法。到清政府时期，於1684年12月於关前街设立粤海关澳门总口，管理澳门海关徵税事宜，及分别於南湾、娘妈角及大码头设置稽察税馆。1743年又将前山寨县丞衙门，迁移到关闸以南的望厦村，隶属同年设立的澳门海防军民同知。澳门同知为驻澳最高负责官员，专管居澳洋人事务及海防事务，印光任是第一任澳门同知，任内颁布了《海防七条》加强对居澳葡人的管理。
　　可以说，自明代葡萄牙人入据澳门後，沿至中英鸦片战争前的近三百年，中国政府一直有效地对澳门实施管治。更明确地说，澳门为葡萄牙人向中国缴纳地租的特殊租居地区，中国政府向来华贸易的葡人商船徵税，澳门大体上呈现着华洋共处分治、各安其居的历史局面。
　　1840年6月，中英鸦片战争爆发后，澳葡当局利用时机，开始了蓄谋已久的侵夺中国在澳门的主权的侵略行动。1843年7月，澳葡政府向清政府提交“议事亭九请”，要求享有中英《南京条约》的一切优惠，并要求将澳门界址扩至前山寨、中葡外交礼仪平等、澳门港向外国船只开放贸易、免交五百两地租银、由葡萄牙士兵驻守整个澳门半岛等等。清政府代表满足了葡方在贸易问题上的要求，但关於澳门主权问题的扩界和免地租二项不予批准。
　　1845年11月20日，葡萄牙女王玛丽亚二世公然宣布敕令，将澳门开放为自由港，允许所有外国商船进入澳门自由贸易。翌年初，获葡萄牙女王任命的殖民狂热分子、海军上校亚马喇从里斯本抵澳就任第79任总督。此人於1823年参加葡萄牙开拓巴西殖民地时被大炮炸掉右臂，被称为“独臂将军”。
　　自实行“自由贸易”政策，澳门失去原有的税收来源很快陷入财政危机。1846年5月30日，亚马喇宣布对澳门居民徵收地租、商税、人头税及不动产税，还下令所有在澳门停泊的中国船只要向澳葡政府登记纳税，这些措施意味着把原本只对葡人实行的统治权力，扩大到华籍居民。10月18日上午有中国居民拒绝纳税，澳葡当局擅自扣留拒絶缴税的中国民船，激起五百船民向市政廰发动进攻，亚马喇出动军队镇压，更下令炮轰华民商船，致使近20艘帆船起火沉没，大批华人船员被打死打伤。事件後，香山政府并未采取任何有效反抗措施，这样澳葡当局向停泊在澳门港的中国居民征税成了既成事实。澳葡当局将澳门所有中国商舖编立字号，勒收房税、地税、人头税，对有居民拒绝缴纳者，即遭受拘拿鞭打。亚马喇还规定任何中国人在澳门兴建房屋，必须先向澳葡当局申请。对此，广东官府曾出面交涉但均无结果。
　　1847年2月，澳葡当局擅自开辟水坑尾门为起点，经龙田村，直逹螺丝山转入黑沙环直逹关闸的道路，不少华民在城界外的农田及墓地被肆意侵占；同时又宣布自三巴门至关闸所有拥有土地的华人必须向澳葡当局领取确认其土地所有权的契据，凡是未向澳葡当局办理手续者，即被看作荒地，由澳葡当局没收。在亚马喇的武力威胁之下，广东官府再次默认澳葡当局的侵略行径。
　　同年6月，亚马喇以中国海关南湾税馆的中国巡役侵挠船民为由，派兵强行拘捕了该稽查口的官员，并将他们驱逐出澳门，及将该稽查口所在的房屋公开拍卖。1848年3月5日，亚马喇发布告示：澳门已成为自由港，葡萄牙海关已关闭，不能再容许一外国海关继续在澳门办公。澳葡当局下令澳门关部行台不得再向葡萄牙及其他外国商船徵收关税，也不得向中国商船徵收关税。3月11日，亚马喇带着数十名葡兵袭击并钉封了设在关前街的粤海关部行台，推倒在海关前的中国旗帜，扣压及驱逐清政府驻澳门的海关人员，以及充公了这一有一百六十余年历史的中国正税总口财产予以拍卖。1849年初，亚马喇通知广东府，澳门既由葡萄牙当局管辖，中国官员不得以进入中国所辖城的方式进入澳门，中国官员的轿前不许由衙役鸣锣开道，进入关闸时也不得鸣放三声号炮。
　　1849年8月22日傍晚发生了震惊中外的“沈志亮刺杀亚马喇事件”，标志着澳葡殖民地扩张时代的开始。当晚，亚马喇一如往常骑马前往关闸蹓逹，於距关闸数百公尺处被龙田村村民沈志亮等伏击刺杀，沈志亮将其头颅和独臂割下携带逃往中国。事件发生後，澳葡当局在又惊又怒之下采取了报复行动。8月25日清晨，百多名葡兵携带三门巨炮对关闸发动进攻，此时望厦香山县丞汪政惧於形势，迅速逃回内地，关闸一带的驻军也不战而退，葡兵迅速占据被清兵丢弃的关闸。这时距关闸以北一公里的北山拉塔石炮台向葡兵发炮攻击，土生炮兵上尉美士基打带兵三十六人攻打并占领了北山拉塔石炮台，并割取驻地军官首级及一手臂，插於刺刀上，凯旋返澳，作为亚马喇复仇。
　　亚马喇惨案传开後，英法西美等国领事先後发表声明支持葡萄牙当局，又向澳葡派兵增援。在这种形势背景下，清政府为平息事件，经过双方多次交涉，於9月15日将沈志亮处死於前山，风波暂时得以平息。但自此後，澳葡当局向香山府缴纳地租一事已成絶响，中国在澳门的主权已丧失殆尽了。
　　1862年8月13日，中葡《通商和好条约》五十四款签订後，澳葡当局乘着界域未定之机，在青州北部填筑一条连接青州岛与澳门半岛的路堤，并在路堤两旁填海造地，使青州岛的区域扩大到与澳门半岛连为一体，而成为澳门半岛的组成部分。
　　1863年，澳葡当局拆毁近三百年的“东至三巴门、水坑尾门，西至海边，南至妈阁庙，北至沙梨头”的古城墙及各座城门，使葡萄牙人居留区与半岛北部华人居民聚居区直接连接，随後侵占於城墙以北的塔石、沙岗、新桥、沙梨头等村落，在那里贴门牌，设路灯，向村民勒灯费和地租。1871年，澳葡当局拆毁关闸门，在稍以北的地方建筑一座凯旋门式的新关闸，并派遣葡兵驻守。1879年，澳葡当局以低价强行收购龙环村的村屋，在村左、村右开僻马路，从此龙环村不再存在。数年後，龙田村百多户村民编入澳门户籍。至1883年，澳门最大的华民村落——居住着五百户村民、廿多条里巷的望厦村被葡人所据，自此整个澳门半岛全部处於澳葡当局的控制之下。
　　澳葡当局在企图扩展澳门半岛的同时，又将目光投向南面的氹仔岛。1843年底，刚刚接任的澳门总督彼亚度向两广总督耆英提出由葡萄牙人永久占据氹仔岛的要求，但遭到拒驳。1847年5月6日，澳葡当局仍然在路环岛西部的荔枝湾建立了军事驻点，驻紮葡兵。1865年设立海岛镇行政局，作为管辖两岛的行政机构，四年後将氹仔、路环两岛划为海岛市，同时又在氹仔岛新设射击场、屠宰场、公共墓地、监狱和港务机构；在路环岛新建街市；并在两岛都新建学校和邮政支局。1910年7月发生路环血案，澳门借机“天主教徒子女被俘虏困在路环岛，教民向澳门主教求救”，以剿匪为命，派兵进攻路环，此後，澳葡完全控制了路环岛，中国政府亦无法再对这两个岛屿行使主权。
　　1910年10月5日里斯本发生了革命，推翻帝制建立了共和国；1911年10月10日辛亥革命爆发，推翻了满清的统治，建立了中华民国。这段时期，中葡两国均陷入政治混乱局面，澳葡当局继续规划和拓展澳门，通过填海筑路、整治港口等大型工程令澳门地区的地域大幅扩展。所以至20世纪初，澳葡当局已完全控制了陆路以闸闸为界、内港以中洪为界的整个澳门半岛，与澳门半岛相连的青州岛，以及氹仔、路环两个离岛。今日澳门地区的地域，即在这时期基本形成。