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新药研究国家重点实验室依托于中国科学院上海药物研究所。1988年,其作为世界银行“重点学科发展项目”的一个子项目通过专家论证,并被遴选为世界银行“重点学科发展项目”的试点实验室;1990年10月批准对外开放;1995年6月完成建设并通过国家验收;2004年被国家科技部授予“国家重点实验室计划先进集体”称号,获金牛奖;2001—2016年,连续4次在全国国家重点实验室评估中被评为优秀实验室。