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编码问题仍是目前DNA计算中的重点和难点之一，实践证明通过有效的编码设计能够提高DNA计算过程中可靠性．本文介绍了约束条件的生物学特性，分析了约束条件与编码数量的关系，并给出编码的计数公式．文中设计了一种基于三字母表{A，T，C}的线性码的编码构造算法，并对运行结果进行了比较分析，同时分析了结果编码的热力学性质．最后指出DNA计算编码存在的问题及下一步的研究方向．