基于规模经济理论，采用双向固定效应模型、事件研究法等因果推断方法，探究自20世纪90年代以来合并、扩招和新建校区等多轮高等教育变革对70所教育部直属高等学校办学成本的影响，有以下四个发现。第一，80%以上高等学校由老校区单一化办学模式演化成了包含合并校区、新建校区在内的多校区办学模式。第二，合并使高等学校生均总支出显著上涨；其中，师均工资福利支出在合并前期上涨明显，生均商品服务支出在中后期逐渐上涨；合并个数越多，办学成本越高；学科上的异质合并、办学实力上的强强合并、隶属关系上的非中央直属院校参与合并都会显著加大高等学校办学经费压力；被合并校区与老校区地理距离越远，办学成本越高。第三，1999年急剧扩招以来，高等学校生均总支出及商品服务支出迅速下降，短期内规模效益明显，办学成本随着扩招幅度的升高而下降。第四，持续快速扩招而衍生的新建校区使高等学校生均总支出再度上涨；其中生均基建和设备购置支出先升后降，生均商品服务支出上涨相对滞后；合并后又建设新建校区的高等学校办学成本更高；新校区选址迁建在当地大学城能够有效降低高等学校办学成本。高等学校应积极促进多校区融合发展，提高内部经费使用效益，推动高等教育内涵式发展。