【摘 要】
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基于星油藤(Plukenetia volubilis L.)转录组信息,分析其表达序列标签-简单序列重复(expressed sequence tag-simple sequence repeat,EST-SSR)并设计引物进行验证,为星油藤
【机 构】
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云南大学农学院,昆明,650500;中国科学院西双版纳热带植物园,种子创新研究院,中国科学院热带植物资源可持续利用重点实验室,勐腊,666303;中国科学院西双版纳热带植物园,种子创新研究院,中国科学
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基于星油藤(Plukenetia volubilis L.)转录组信息,分析其表达序列标签-简单序列重复(expressed sequence tag-simple sequence repeat,EST-SSR)并设计引物进行验证,为星油藤的SSR分子标记开发提供数据支持.本研究利用MISA软件对星油藤雌雄花序芽转录组测序所获得的57 664条Unigenes进行分析,共检测出10 572个SSR位点;其中8 825条Unigenes分布有SSR位点,占总Unigenes的15.30％.SSR位点的平均分布频率为每5.34 kb出现1个SSR位点.各类型的SSR位点共有154种,其中单核苷酸重复(40.48％)、二核苷酸重复(25.82％)和三核苷酸重复(28.89％)为主要的重复类型,A/T、AG/TC和AAG/CTT分别为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸类型中主导的重复基序.利用Primer3.0设计EST-SSR引物,并随机挑选75对SSR引物,以星油藤及其2个近缘种(亚洲星油藤和大果星油藤)为材料进行筛选验证,其中31对引物可进行有效扩增,并最终获得7对在3个物种间具有多态性的引物.本研究结果表明,星油藤转录组测序产生的Unigenes序列信息作为开发SSR分子标记是可行的,开发的这些SSR分子标记可用于星油藤及其近缘种的遗传多样性评价、种质资源鉴定和分子标记辅助育种等研究.
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