目的:冬虫夏草与古尼虫草在外观上相似度高,最易混淆,本研究将从基因水平对两者进行准确鉴别。方法:通过聚合酶链式反应扩增,得到样品的内转录间隔区(ITS)序列,同时从Gen Bank下载2种虫草的ITS序列;利用Codon Code Aligner和MEGA软件对ITS序列进行分析,找到2种虫草差异的酶切位点;通过聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCRRFLP)实验进行验证。结果:在ITS序列上,冬虫夏草存在1个SacⅡ酶切位点,而古尼虫草不具有该位点。PCR-RFLP的实验结果表明,冬虫夏草ITS序列的PCR产物可被限制性内切酶SacⅡ切割为2个片段,大小分别约为488 bp和128 bp,古尼虫草不能被SacⅡ切割,所以酶切前后其PCR产物在琼脂糖凝胶图上的位置没有变化。从子实体取样和从虫体取样得到一致的结果。结论:PCR-RFLP法可以将冬虫夏草与古尼虫草明确区分,取样部位不同对本方法的结果没有影响。