【目的】研究盐城湿地自然保护区的土地利用格局、生境质量变化情况，为提升生物多样性保护水平、改善区域生态环境质量提供依据。【方法】基于2000—2018年5期盐城湿地珍禽国家级自然保护区（简称盐城自然保护区）土地利用数据，运用土地利用转移矩阵以及InVEST模型，研究盐城自然保护区土地利用演变时空格局以及生境质量的动态变化，对盐城自然保护区的生境退化程度和生境质量进行评估。【结果】2000—2018年盐城自然保护区土地利用类型转变明显，主要是其他建设用地向水库坑塘的转变；研究期内盐城自然保护区生境退化程度指数呈现不断加深的情况，而且保护区内出现中度退化和高度退化的区域面积持续增加；生境质量指数总体呈现上升的趋势且高生境质量的区域面积上升。【结论】盐城湿地珍禽国家级自然保护区土地利用类型变化频繁导致生境退化程度的加深，但总体上保护区的生境状况逐渐改善，因此进一步优化盐城自然保护区的功能区划、遏制土地利用类型的频繁转变，成为提升盐城自然保护区生境质量和生物多样性保护成效的有效途径。