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序列比对是生物信息学中的一项重要任务，通过序列比对可以发现生物序列中的功能、结构和进化的信息。序列比对结果的生物学意义与所选择的匹配、不匹配、插入和删除以及空隙的罚分函数密切相关。现介绍一种参数序列比对方法，该方法把最佳比对作为权值和罚分的函数，可以系统地得到参数的选择对最佳比对结果的影响。然后将其应用于RNA序列比对，分析不同的参数选择对序列比对结果的影响。最后指出参数序列比对算法的应用以及未来的发展方向。