微生物肥料是由一种或数种有益微生物，经工业化培养发酵而成的生物性肥料。通常把微生物肥料分为两类：一类是通过其中所含微生物的生命活动，增加了植物营养元素的供应量，导致植物营养状况的改善，进而增加产量，其代表品种是菌肥；另一类是广义的微生物肥料，虽然也是通过其所含的微生物生命活动作用使作物增产，但它不仅仅限于提高植物营养元素的供应水平，还包括了它们所产生的次生代谢物质，如激素类物质对植物的刺激作用，促进植物对营养元素的吸收利用，或者能够抵抗某些病原微生物的致病作用，减轻病虫害，从而提高农作物产量和品质。
　　1. 微生物肥料的作用机理
　　微生物肥料的功效主要是与营养元素的来源和有效性有关，或与作物吸收营养、水分和抗病有关，概括起来有以下几个方面：
　　1.1增加土壤肥力 这是微生物肥料的主要功效之一。如各种自生、联合、共生的固氮微生物肥料，可以增加土壤中的氮素来源；多种解磷、解钾微生物的应用，可以将士壤中难溶的磷、钾分解出来，从而能被作物吸收利用。
　　1.2产生植物激素类物质刺激作物生长 许多用作微生物肥料的微生物还可产生植物激素类物质，能刺激和调节作物生长，使植物生长健壮，营养状况得到改善。
　　1.3对有害微生物起到生物防治作用 由于在作物根部接种微生物，微生物在作物根部大量生长繁殖，形成作物根际的优势菌，限制了其他病原微生物的繁殖机会。同时，有的微生物对病原微生物还具有抵抗作用，起到了减轻作物病害的功效。
　　2.微生物肥料的抗病机理
　　微生物肥料除了传统肥料的增产增收效果外，还可以减轻作物病害。这主要有以下三个方面的原因：一是肥料中的有益微生物生长繁殖，在作物根际土壤微生态系统内形成优势种群，抑制其他有害微生物的生长繁殖，甚至对部分有害病原菌产生拮抗作用，减少了有害微生物的为害机会。二是有益微生物在生长繁殖过程中向作物根际土壤微生态系统内分泌各种代谢产物，这些代谢产物能够刺激作物生长，提高作物抵抗不良环境的能力。三是在植物受到病害、冻害、干旱、衰老等逆境时，施用微生物肥料的，其所含的菌种能诱导作物产生超氧化物歧化酶，消除因逆境而产生的自由基，从而提高作物的抗逆性，减轻病害发生。
　　3.微生物肥料的使用方法
　　3.1液体菌剂的使用方法 种子上的使用。拌种：播种前将种子浸入10～20倍菌剂稀释液或用稀释液喷湿，使种子与液态生物菌剂充分接触后再播种。浸种：菌剂加适量水浸泡种子，捞出晾干，种子露白时播种；幼苗上的使用。蘸根：液态菌剂稀释10～20倍，幼苗移栽前把根部浸入液体沾湿后立即取出即可。喷根：当幼苗很多时，可将10～20倍稀释液放入喷筒中喷湿根部即可；生长期的使用。喷施：在作物生长期内可以进行叶面追肥，把液态菌剂按要求的倍数稀释后，选择阴天无雨的日子或晴天下午以后，均匀喷施在叶子的背面和正面。灌根：按1∶40～100的比例搅匀后按种植行灌根或灌溉果树根部周围。
　　3.2固体菌剂的使用方法 种子上的使用。拌种：播种前将种子用清水或小米汤喷湿，拌入固态菌剂充分混匀，使所有种子外覆有一层固态生物肥料时便可播种。浸种：将固态菌剂浸泡1～2小时后，用浸出液浸种；幼苗上的使用。将固态菌剂稀释10～20倍，幼苗移栽前把根部浸入稀释液中蘸湿后立即取出即可；拌肥。每1000g固态菌剂与40～60kg充分腐熟的有机肥混合均匀后使用，可做基肥、追肥和育苗肥用；拌土。可在作物育苗时，掺入营养土中充分混匀制作营养钵；也可在果树等苗木移栽前，混入稀泥浆中蘸根。
　　3.3生物有机肥的施用 基肥。大田作物每亩施用40～120kg，在春、秋整地时和农家肥一起施入；经济作物和设施栽培作物根据当地种植习惯可酌情增加用量；追肥。与化肥相比，生物有机肥的营养全、肥效长，但生物有机肥的肥效比化肥要慢一点。因此，使用生物有机肥做追肥时应比化肥提前7～10天，用量可按化肥做追肥的等量投入。