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马铃薯有着丰富的二级基因库(Secondary gene pool),如何客观地定义马铃薯种,划分它们在分类学上的地位,明确各个种之间的相互关系,对马铃薯种质资源改良和育种工作非常重要。1990年Hawkes把Petota组分成21个系,其中有227个结块茎的种(包括7个栽培种)和9个不结块茎的种。分子数据表明,Hawkes的分类系统过细。2009年spooner等认为Petota组应重新划分为3个进化枝,其中含有110个结块茎的种,至于栽培种,2007年spooner等认为可以重新划分成4个种:S.tu