目的建立一种具有高敏感性、高特异性的百日咳鲍特菌聚合酶链反应(Polymerase chain reaction,PCR)检测方法。方法以百日咳鲍特菌插入序列IS481为目的基因,通过Primer5.0软件设计巢式PCR(Nested PCR,nPCR)外引物,并优化扩增条件和程序,结合IS481目的基因的检测方法,建立nPCR结合Real-time PCR(rPCR)检测百日咳鲍特菌的方法,应用于354份流感样病例标本核酸检测和34份临床疑似百日咳病例标本核酸检测。结果该结合检测方法的最低检出限为0.225 copies/μL,能同时检测百日咳鲍特菌和霍氏鲍特菌,其他参考菌株均呈阴性,具有较好的特异性,进一步通过rPCR区分霍氏鲍特菌。采用该结合检测技术,354份流感样病例核酸标本中17份百日咳鲍特菌阳性,34份临床疑似百日咳病例核酸标本中12份百日咳鲍特菌阳性,而单独针对百日咳鲍特菌的rPCR方法分别仅检测出1份和6份阳性,rPCR检出的阳性标本,本方法均可检出。结论基于IS481基因的nPCR结合rPCR方法可用于百日咳鲍特菌的检测,具有较高的敏感性和特异性特点。