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新疆早二叠世古气候可以划分为两个不同的气候区，即准噶尔温带气候区和塔里木热带—亚热带气候区。准噶尔早二叠世的气候特点是间歇性地出现炎热气候，这些气候变化大致可以划出两个气候旋回。塔里木早二叠世由潮湿环境转变为比较干旱的环境，晚期。红层普遍发育。影响准噶尔早二叠世气候的主要因素为全球气候变暖和火山作用。影响塔里木早二叠世气候的主要因素包括处于偏低纬度的地理位置、古特提斯洋暖流、周缘火山活动，海退使整个塔里木运动远离海洋。