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以往对于血瘀证本质的研究主要从血液流变性、血液黏度、血小板聚集性以及血脂代谢方面入手，涉及基因组学、蛋白组学方面的研究并不多。吴红金等利用蛋白质组学技术研究冠心病血瘀证病人与正常人血浆的差异蛋白，发现有3个蛋白质下调和6个蛋白质上调，其中升高的蛋白质有免疫球蛋白、纤维蛋白原、粒酶，降低的蛋白质有CD44SP，其中纤维蛋白原、粒酶有望作为诊断冠心病血瘀证的标志物。颜永平等通过双向凝胶电泳分析高血压肝阳上亢证大鼠与正常大鼠下丘脑的差异蛋白质，与正常大鼠比较肝阳上亢大鼠有22个蛋白表达上升，