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基于MPI＋CUDA环境的静电相互作用能并行求解

来源 :计算机应用与软件 | 被引量 : 3次 | 上传用户：loving_tiger

【摘要】

：

ABEEMσπ(Atom-Bond Electronegativity EqualizationσπModel)模型中,原串行程序求静电相互作用能的方法非常耗时,致使研究问题的效率降低。针对原程序中多个循环相互嵌套的求解部分,采用带状卷帘存储迭代分配的MPI(Message Passing Inter-face)并行化处理;对体系中所有原子、σ键、孤对电子、π键位点之间的静电相互作用能采用多线程C

【作者】

：

刘青昆马名威杨荣杰宫利东

【机构】

：

辽宁师范大学计算机与信息技术学院,辽宁师范大学化学化工学院

【出处】

：

计算机应用与软件

【发表日期】

：

2012年11期

【关键词】

：

原子-键电负性均衡σπ模型静电子相互作用能并行计算消息传递接口统一计算设备架构 ABEEMσπ model Electrostatic interact

【基金项目】

：

国家自然科学基金项目（21133005,20703022,21011120087）

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ABEEMσπ(Atom-Bond Electronegativity EqualizationσπModel)模型中,原串行程序求静电相互作用能的方法非常耗时,致使研究问题的效率降低。针对原程序中多个循环相互嵌套的求解部分,采用带状卷帘存储迭代分配的MPI(Message Passing Inter-face)并行化处理;对体系中所有原子、σ键、孤对电子、π键位点之间的静电相互作用能采用多线程CUDA(Computer Unified DeviceArchitecture)并行化处理。传统MPI+

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