基于癌症基因组图谱数据库探索直肠癌拷贝数变异驱动基因及其功能通路

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【摘要】

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目的探究癌症基因组图谱(the cancer genome atlas, TCGA)数据库中直肠癌拷贝数变异(copy number variation, CNV)数据和表达谱数据,筛选直肠癌CNV驱动基因并探索其功能通路

【作者】

：

戴莉莉曹毅吕桂芬

【机构】

：

海军军医大学附属长海医院肛肠外科

【出处】

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海军医学杂志

【发表日期】

：

2019年6期

【关键词】

：

直肠癌拷贝数变异驱动基因

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目的探究癌症基因组图谱(the cancer genome atlas, TCGA)数据库中直肠癌拷贝数变异(copy number variation, CNV)数据和表达谱数据,筛选直肠癌CNV驱动基因并探索其功能通路。方法从TCGA数据库下载本研究所需的直肠癌CNV数据和表达谱数据。利用R 3.5.0软件使用卡方检验或Fisher确切概率统计学方法,探索直肠癌组织和直肠正常组织之间差异具有统计学意义的CNV基因。结合表达谱数据,筛选拷贝变异引起信使RNA(messenger RNA, mRNA)明显

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