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乳酸菌是重要的工业用微生物之一,广泛用于食品发酵、医疗保健等领域。乳酸菌也是肠道内的有益微生物,具有改善胃肠道环境,维护肠道菌群平衡的作用。全基因组关联分析的出现为乳酸菌的分离筛选以及溯源、进化研究提供了更为可靠的证据和新的思路。本文简述乳酸菌分子生物学研究的必要性,介绍全基因组关联分析的历史以及在细菌中应用的现状,展望该技术在乳酸菌研究中的应用以及面临的困难和解决方法。