行政事业单位的预算贯穿于单位各项业务活动前、中、后的全过程中,在单位的内部控制管理中发挥着计划、协调、控制、评价等综合管理功能。预算单位的业务控制包括预算业务控制、收支控制、合同控制、资产控制(政府采购业务控制、资产控制、建设项目控制)等。预算业务控制包括建立健全预算业务内部管理制度、合理设置预算业务管理机构或岗位、控制预算编制、执行、决算等;收支控制是对行政单位的财政拨款收入、其他收入,事业单位的财政补助收入、事业收入、上级补助收入、附属单位上缴收入、经营收入、其他收入等以及行政事业单位的支出等进行控制;合同控制是行政事业单位发生政府采购业务、开展工程建设、取得财政拨款以外的其他收入时,涉及到合同的订立、履行、登记等的控制;资产的控制是建立健全资产内部管理制度、合理设置货币资产、实物资产、无形资产、对外投资的管理控制。