【摘 要】
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目的:基于分子对接的方法研究拮抗肿瘤坏死因子受体1(TNFR1)的红芪小分子化合物。方法:从相关中药化学成分化合物库下载红芪小分子化合物结构,进行结构优化,获得红芪成分化合
【机 构】
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甘肃中医药大学甘肃省高校重大疾病分子医学与中医药防治研究省级重点实验室; 甘肃中医药大学敦煌医学与转化省部共建教育部重点实验室; 甘肃中医药大学药学院; 兰州大学应用有机
【基金项目】
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国家自然科学基金项目(81760804)
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目的:基于分子对接的方法研究拮抗肿瘤坏死因子受体1(TNFR1)的红芪小分子化合物。方法:从相关中药化学成分化合物库下载红芪小分子化合物结构,进行结构优化,获得红芪成分化合物库;确定炎症靶点TNFR1三维结构(PDB ID:1TNR),进行加氢、去水等处理,根据文献确定结合口袋残基;根据确定的靶点结构和结合口袋,将成分化合物库与靶点进行柔性分子对接,获得打分值(Glide Score);基于分子对接结果,选择Glide Score前9个小分子化合物为候选成分,在此基础上进行类药性分析,即符合氢键受体数、氢键供体数量、分子量、可旋转键的数量、脂水分配系数的数值范围的小分子化合物;最后根据药代动力学参数及成分-靶点对接的复合物结构进行结合模式分析。结果:确定TNFR1药物结合口袋的残基组成为谷氨酸109(Glu109),赖氨酸35(Lys35),丙氨酸62(Ala62),丝氨酸74(Ser74),赖氨酸75(Lys75),半胱氨酸76(Cys76),精氨酸77(Arg77),谷氨酸82(Gln82),苏氨酸89(Thr89),天冬氨酸91(Asp91),精氨酸92(Arg92),天冬氨酸93(Asp93),苏氨酸94(Thr94),缬氨酸95(Val95),半胱氨酸96(Cys96),精氨酸104(Arg104),酪氨酸106(Tyr106),天冬酰胺110(Asn110),亮氨酸111(Leu111),苯丙氨酸112(Phe112),谷氨酸131(Glu131),赖氨酸132(Lys132);检索得到红芪43个小分子化合物;以对接打分等综合筛选出槲皮素、异甘草素、柚皮素、毛蕊异黄酮及甘草素5个红芪小分子化合物。结论:红芪抗炎的有效物质基础槲皮素、异甘草素、柚皮素、毛蕊异黄酮及甘草素具有成为TNFR1拮抗剂的较大可能性。
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