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蒋介石提出黄河归故／段君毅担当重任
黄河归故，顾名思义，即黄河回归原来的河道。１９３８年５月１９日，侵华日军占领徐州之后，继而沿陇海铁路继续西犯。蒋介石为了阻止日军的西进，悍然下令将黄河花园口大堤炸开。滔滔洪水向东南方向奔流直下，经淮河入洪泽湖，部分注入东海，致使黄河改道，豫皖苏３省４４县的百姓４００多万人外逃，８９万人死亡，无数村庄被毁，造成黄河历史上一场空前浩大的劫难。
１９４５年８月日本投降后，蒋介石准备改黄河水回归原来的故道。表面上，这是为遭受多年黄河水之苦的黄泛区人民造福，而实际上，是企图用黄河水作为“天然屏障”，用对付日本人的办法来对付共产党的进攻。因为黄河花园口以下河道除开封和济南两地外，其余均在解放区内。
中共中央深知，黄河归故后会对冀鲁豫和山东解放区带来洪水威胁，内战爆发后更是对战局不利。为了免除豫皖苏黄泛区人民的水患之苦，中共中央表示，在不使故道下游发生水灾的前提下，同意黄河归故，并为此成立了黄河故道治理委员会，同时授命冀鲁豫行署代表中共与国民党谈判。时任晋冀鲁豫野战军第六纵队政委的段君毅出任行署主任。
时隔不久，解放区谈判代表赵明甫和成润陪同国民党黄河水利委员会委员长赵守钰和联合国救济总署(以下简称联总)的美籍顾问塔德等人对黄河下游故道进行勘察。沿河群众对蒋介石黄河归故的图谋十分不满，请愿抗议活动不断。在解放区的菏泽，请愿的群众拥到了他们的住地交际处，迫使他们不得不同意与解放区再次举行谈判。时间定在１９４６年４月１５日晚７时。
这次谈判由段君毅亲自出面，代表成员有行署副主任贾心斋、行署秘书长罗士高和渤海区政府代表刘季清等；国民党方面代表有赵守钰、陶述曾等；联总的代表塔德出席。
谈判一开始，解放区代表首先提出了三条：一、先复堤后堵口。待复堤、裁弯取直、整理险工等工程竣工后再行合龙放水；二、保证河道居民维护正常生活，新建村居民每人发给１０万元法币迁移费；三、解放区派人参加国民党统治区各级治黄组织。
谈判进行得非常艰难。对第三条，国民党方面死活不接受。考虑到谈判目的已基本达到，中共方面便不再坚持。但是，冀鲁两省修防处需设正、副主任两名，正主任由黄委会派，副主任由解放区派，这一意见最后仍以“双方电呈请示后再确定”。整个谈判持续了６个半小时，次日１时３０分才结束。
《菏泽协议》解决了一个十分重要的先复堤后堵口问题，而且救济费用也明确了由解放区负责发放，应该说是一个比较理想的协议。然而，就在协议达成的第三天，国民党方面就变卦了。他们首先在中央通讯社上发表了“黄河下游复堤工程两月内进行”的消息，接着又在国民党《中央日报》上宣称：“倘秋汛期不能完成堵复全部工程，政府方面不能负其全责。”段君毅闻讯觉得问题严重，立即派出代表到花园口与国民党代表进行交涉。国民党方面却拒不接受中共方面的意见。
鉴于这种情况，段君毅召开了行署紧急会议，让大家讨论如何对付当前的严峻局面。会上，大家对国民党的背信弃义非常气愤。有人主张将采石厂炸掉，断绝堵口工程的石料来源，让花园口的堵口工程进行不成；还有人主张待堵口工程进行到差不多的时候，出兵袭击花园口工地，将工程炸掉，这样就能确保解放区人民的生命财产安全。段君毅考虑到黄河归故事关重大，一面吩咐不可贸然行事，一面派赵明甫、王笑一到南京向周恩来汇报，同时抓紧布置沿河民工进行复堤工作。此间，段君毅又组织菏泽等地１５万人集会，抗议国民党单方面堵口，企图水淹解放区的罪恶行径。
５月１０日，中共中央发言人发表谈话：“坚决反对国民党蓄意淹没解放区的阴谋，要求国内外人士主持正义，制止花园口堵口工程，彻底实行《菏泽协议》。”
５月１３日，段君毅和贾心斋以冀鲁豫行署正、副主任的名义联名通电全国：呼吁全国各民主政党、社团及各界正义人士，为了解放区１２００万人民的生命，共同采取有效办法，制止国民党当局灭绝人性的阴谋。
段君毅和贾心斋的联名通电同中共中央发言人的谈话，一并登载在１９４６年５月１３日的《冀鲁豫日报》上，为揭露国民党单方面堵口的罪恶阴谋造成了一定的声势和影响。
周恩来亲自参加谈判／解放区做好战争准备
５月１５日，解放区代表赵明甫、王笑一在南京向周恩来作了汇报，周恩来非常重视。５月１８日上午，他亲自带领赵明甫和王笑一与联总、国民党行政院善后救济部署(以下简称行总)、水利委员会、黄委会等代表进行商谈，同日下午达成了六项口头协议，即《南京协议》。协议的主要内容为：复堤工作争取在６月５日以前开工，技术问题由黄委会统一规划，所需器材、工粮由联总、行总负责供给，不受任何军事、政治影响。器材物资供应事项在菏泽设立办事处，由中共参加。河道居民的迁徙救济由三方组成委员会负责处理，国民党政府派两人，中共派两人，联总派一人，行总派一人。花园口堵口工程继续进行，但以不使下游发生水害为原则。解放区代表提出一条保留意见：“大汛前打桩抛石以不超出河床两公尺为限。”
《南京协议》达成之后，赵明甫、王笑一即刻返回解放区，向段君毅等负责人进行传达。为了执行《南京协议》，段君毅决定复堤工作马上进行，号召沿河群众克服种种困难，赶在汛期到来之前完成复堤工程。经过各级政府的组织动员，西自长垣，东至山东长清共计１９个县的沿河民工２３万人，于５月２３日全线大动工，开始了复堤工程。时值麦收大忙季节，解放区的群众做到了麦收、夏种、修堤三不误。到７月初，黄河故道的大堤得到初步恢复。
解放区复堤工款用去８０亿元，然而国民党政府只同意拨付４０亿元，还迟迟不能到位。国民党方面声称经费紧张，百般推托。
６月２６日，蒋介石调动３０万兵力向中原解放区大举进攻，内战全面爆发。恰在这一天，下了一场大雨，黄河水位猛涨，国民党方面刚刚打好的四排桥桩被水冲走，桥身被冲断。王笑一将这个情况迅速告诉了段君毅。段君毅马上用电台向周恩来作了汇报，并告诉他：黄河水淹不了我们！
花园口汛期堵口失败，国民党政府为此撤掉了赵守钰黄委会委员长的职务。而解放区在第一阶段的复堤工程结束之后，愈加显示出黄河水利问题的重要。经过请示，段君毅宣布将黄河故道治理委员会改为黄河水利委员会，并由王化云担任主任，赵明甫任副主任，隶属冀鲁豫行署领导。
王化云刚上任不几天，段君毅就派他到开封与国民党行总、联总方面交涉复堤工款和救济款项诸问题。针对国民党和联总方面的胡搅蛮缠，王化云毫不示弱，针锋相对地声明说：“如果国民党和联总方面继续一意孤行，我解放区将采取必要行动，实行自卫自救，在河道内筑一道拦河横堤，不让黄河水东流。”事后，段君毅对王化云这一招大为赞赏，称他“有办法”。
王化云的话，着实让联总紧张。第二天，塔德便急忙乘飞机飞抵南京，后又追至上海，向周恩来陈述了开封谈判的情况。为了解决最迫切的问题，双方商定在上海再次举行谈判。
谈判中，周恩来义正严词地提出：河床居民３０４亿元的救济费绝不能减少!这个数字是解放区地方人民经过详细调查核实出来的。如果这个问题不能保证，最初我们也不会同意黄河改归故道。他还说，这个数字的四分之一可由我解放区地方政府负担，其余２２８亿元由国民党政府供给。国民党方面见周恩来态度强硬，便答应除１０月份之前支付８０亿元外，愿再提供７０亿元，陆续支付。周恩来要求在１０月份之前至少应拨付１００亿元，国民党方面仍表示难以接受。谈判无法再进行，只好暂时休会。
周恩来想在休会期间视察花园口工地，以了解解放区的复堤进展情况和反击国民党进攻的准备情况，特指示解放区工作人员管大同提前到冀鲁豫，通知张玺（时任区党委书记，对外身份是边区参议员）、段君毅和主管黄河的同志到开封，然后与王笑一、成润于７月１９日飞抵开封。
段君毅听说周恩来要见他，非常高兴，马上与张玺、王化云一起赶往开封。
７月１９日，周恩来在开封会见了张玺、段君毅等人。周恩来对大家说：“日本投降，让黄河水回归原来的故道是应该的，现在黄泛区淹没的百姓太多。一定要和国民党进行斗争，要注意斗争策略，争取主动权，但也不要寄希望于一纸协议。历史经验证明，国民党什么坏事都干得出来的。一定要抓紧时间修堤防，早做迁移河床居民的准备，时刻提防国民党当局的堵口放水。”
周恩来又委托张玺、段君毅转告刘伯承、邓小平：国民党打内战的决心已定，和谈肯定靠不住，让刘邓尽快做好打的准备。中央的部署是先让晋冀鲁豫野战军从陇海路出击，配合中原解放军突围，从而减轻苏中新四军方面的压力，其他战场视情况再陆续投入。
张玺、段君毅得到周恩来的指示后，即刻返程去见刘伯承和邓小平。刘伯承和邓小平已于７月１２日率领晋冀鲁豫野战军部分主力秘密到达了冀鲁豫地区。当听到段君毅转达的周恩来的指示后，他们立刻命令晋冀鲁豫野战军第三、第六纵队分别由邯郸和磁县两地向冀鲁豫地区开进，并当即决定成立晋冀鲁豫军区后方战勤总指挥部，由段君毅任司令员，赵健民任政委。这一天是１９４６年７月２０日。
堵口工程谈判未果／刘邓大军捷报频传
７月２１日，周恩来乘飞机由开封返回上海，２２日与国民党及联总方面继续举行谈判。
在接下来的时间里，刘伯承、邓小平指挥晋冀鲁豫野战军４个纵队进行了陇海、定陶、巨野三大战役，共歼敌４万多人，取得了巨大的胜利。段君毅是野战军的战勤司令员，这个时候，行署的工作除了黄河归故问题外，全部服从于战争，所以他又将主要精力用在了发动群众支援前线上。
１０月５日，正值巨野战役激烈地进行之时，国民党政府又决定花园口堵口工程再度开工，并下令５０天之内完工。
解放区的复堤工程虽已基本修复，但是由于国民党飞机不断袭扰，尚有多处整险和裁弯取直工程没有进行，黄河归故的形势依然十分严峻。在炮火连天的氛围中，段君毅又召开冀鲁豫行署、黄委会及沿河各专署、县、修防段负责人紧急会议，要求一定要在花园口合龙放水之前将沿河险工修复，以确保人民的生命财产安全。会后，段君毅授意王化云以黄委会的名义发表谈话，将国民党抢劫解放区沿河物资及用飞机轰炸解放区复堤工程等罪行一并告之于众，并号召沿河群众快速行动起来，实行自卫自救。
１０月２９日至３１日，刘伯承、邓小平指挥晋冀鲁豫野战军进行鄄南战役，歼敌９０００余人。１１月１９日至２４日，又进行濮滑战役，歼敌１．１万余人。
仗越打越大，而谈判成功的系数则越来越小。但如遇谈判斗争的机会，段君毅仍不愿放过。他知道，哪怕堵口放水多推迟一天，对战局就会有利一天；多争取到１万元的法币，就能够多给一个百姓解决苦难。
１１月１８日，美籍顾问塔德、国民党堵复局局长齐寿安、工程处长阎振兴及联总驻鲁西代表韩森（美籍）等人，以视察下游河床居民的迁移情况为名到了山东境内的张秋镇。段君毅听说后，立即带领贾心斋、王化云、罗士高、赵明甫、王笑一等前往张秋，当晚与联总、行总方面再次举行谈判。
在谈判中，段君毅措词严厉，指责国民党方面不遵守协议，不顾下游复堤情况，单方面决定５０日内完成堵口，而工款和河床迁移费又以种种借口不予拨付等，并直接指出国民党将黄河归故纯粹作为军事需要和带有不可告人的政治阴谋。基于当前的情况，他提出了３个谈判条件：一、花园口堵口工程推迟５个月以后进行；二、国方应付工款及救济费必须在１９４６年底交清；三、联总协助之物资由联总直接拨付，不必经国民党包办的行总机关。会议持续了７个半小时，最后不欢而散。
谈判没有取得进展，国民党花园口堵口工程却在加紧进行。段君毅一方面将张秋谈判的情况报告周恩来和晋冀鲁豫边区政府，另一方面抓紧组织民工对黄河大堤的险工地段进行整修。由于敌机不断对施工地点进行轰炸，段君毅提出白天修不成就晚上修，长时间修不成就短时间修，在这里修不成就在那里修。总之，在花园口堵口放水之后，黄河大堤绝不能出现任何问题。此外，花园口一旦合龙放水就会严重地影响战争的进展，所以他又指示各修防段要立即搜集船只，对１９３８年以前旧有的船只进行集中修补，再造些新的船只，尽可能多地训练一些水手，以备军用。
１２月１５日，国民党花园口堵口工程抛石平堵开始。１２月２７日，两条引河挖成，部分黄河水开始流入黄河故道。１９４７年１月２日，蒋介石指示水利委员会：“堵口工程务于元月５日完工，不可拖延。”
此时，刘伯承、邓小平指挥的巨（野）金（乡）鱼（台）战役也在激烈地进行中。国民党此举对解放军大踏步地进退形成了一定的障碍。为了拖住国民党主力使其不能北调，在巨金鱼战役结束不到１０天时间，刘伯承、邓小平又发起了豫皖边战役。此役，刘伯承、邓小平各带一个作战集团作战，战线较长。时值天寒地冻，黄河水将近１米深，不能泅渡，段君毅率领边区人民用三天的时间修出５座能通汽车运大炮的浮桥。
段君毅骑马的本领很高。这三天，他依靠一匹战马，日夜来往于５座浮桥的施工现场。那里的民工没有一个不认识他的，也没有一个说完不成任务的。
三天之后，豫皖边战役结束，共收复８座县城，歼敌９０００余人，缴获的大批物资和俘虏全部从浮桥上运往黄河北岸。战役结束之后，野战军主力全部撤到黄河以北休整。待部队过完黄河之后，段君毅又命令架桥单位将５座浮桥全部拆除。搭桥用了三天时间，拆桥只用了几个小时。刚刚拆完浮桥，国民党新五军的先头部队就到了黄河的南岸。然而，他们只能望河哀叹，却不敢向北涉足黄河半步。
３月１５日，国民党花园口堵口工程合龙，黄河水全部流入故道，致使故道被淹村庄达２３７个，土地２７万余亩。
刘伯承称赞段君毅：“我和邓政委早就说过，在这里什么困难也难不住你。”
１９４７年３月２２日，刘伯承、邓小平指挥晋冀鲁豫野战军第一、二、三、六纵和太行、冀南、冀鲁豫 ３个军区独立旅、基干团共１０余万人的兵力，编组成４个作战集团，在豫北平原的平汉线两翼展开大规模作战，史称豫北战役。
汛期即将到来，大战正在进行，既要确保黄河安澜入海，又要保障晋冀鲁豫野战军战役的后勤供应，两大历史重任落在了段君毅的身上。第一阶段的复堤工程万一承受不住汛期的洪水，后果实在是太可怕了。段君毅认为应在１９３８年的基础上对整个大堤加高培厚，以消除万一。他将这个想法与冀鲁豫边区党委的主要负责同志共同研究并向晋冀鲁豫边区政府作了汇报。晋冀鲁豫边区政府认为这个想法非常现实，是造福子孙后代的千秋伟业，理应很快动工，并决定组织太行、太岳、冀南解放区的人民前去支援。
４月２７日，豫北战役尚在进行之中，中央军委又电示刘伯承、邓小平：应在冀南和冀鲁豫两个方向同时准备足够的船只，以便随时可以从东面或西面渡河，转入战略进攻。接到电令，刘伯承、邓小平将冀鲁豫边区的党政军负责人张霖之、段君毅等召来研究对策。刘伯承对段君毅说：“我和邓政委已经研究过了，准备从你们那里渡河作战，时间大约在６月下旬，船只的需要量很大，这都由你负责，怎么样？”段君毅说：“小船倒有，大船很少。１９３８年之前的船只大部分都在，修理集中后即可使用，但是只能运送人员，能装载辎重的大船一只也没有，必须发动群众赶造。”邓小平说：“那就赶造，能赶造多少就赶造多少，大船越多，渡河越顺利。”
段君毅听罢刘伯承、邓小平的指示后，深感任务重大。他对刘邓说：“请刘司令员和邓政委放心，困难再大，我们也能克服，保证不影响主力过渡。”刘伯承听后笑着说：“我和邓政委早就说过，在这里什么困难也难不住你。”
段君毅接受任务后，马上召开了战指、行署和黄委会负责人会议，决定成立濮阳、濮县、范县、昆吾４个造船厂，造船总负责人由黄委会主任王化云担任。段君毅下达任务说：“在５月底以前，要造出２００只大船，两只特大船。大船每只能载２００人左右，特大船要载汽车、坦克和大炮。大船造好后要先试水，然后伪装隐蔽听候命令。”
５月初，晋冀鲁豫边区政府发出了对黄河大堤进行加高培厚的通知。为落实通知精神，段君毅与贾心斋于５月３日联名向冀鲁豫全区人民发出布告，号召全区同胞立即行动起来，修堤自救；要求同胞们一手拿枪、一手拿锨，用血汗粉碎蒋介石和黄河水的进攻。
此后，冀鲁豫边区的人民迅速行动起来，又一次掀起了轰轰烈烈的修堤热潮。不仅沿河的群众拥向大堤，就连不临黄河的茌平、聊城等地区也动员５万人赶来修堤。冀南解放区３万余众从数百里之外也来修堤，太行、太岳和东北解放区的人民虽然路途遥远不能前来，但也提供了大量的捐款。自５月１５日开始，３０余万修堤大军日夜奋战在工地上。至７月２３日，西起长垣、东至齐河，长达６００余里的河段普遍加高两米，培厚３米。在激烈的战争中，冀鲁豫边区人民确保了黄河的安澜入海。
５月１７日，国民党行政院发出第１８２６号训令，正式宣布与解放区代表断绝关系。是日，解放区代表被迫撤离开封。双方谈判的大门从此关闭。
５月２５日，豫北战役结束，共歼敌４．５万余人。战役结束后，刘伯承、邓小平将野战军主力一直隐蔽在汤阴、安阳一带休整。敌人摸不清解放军下一步的动向。
刚进入６月，４个造船厂就造出了１２０只大船和两只特大船。船试水以后，分散至各个渡口隐蔽起来。
６月１０日，刘伯承、邓小平再次召见了冀鲁豫区党政军负责人张霖之、段君毅、赵健民、王秉璋等人，询问渡河准备情况。段君毅汇报说：“大船目前已造出１２０只，同时在李桥、张庄、林楼、孙口、位山等５处设立船运大队，水手准备了３０００余名，一次可渡军８０００余人，一趟的时间大约在１０分钟左右；粮食、担架、支前民工均已安排就绪。”刘伯承、邓小平听完汇报，甚为满意。渡河时机已经成熟。
６月２２日，刘伯承、邓小平下达渡河作战命令。６月３０日晚９时 ，晋冀鲁豫野战军４个纵队共１０余万人，一举突破黄河天险，由此揭开了中国人民解放军战略进攻的序幕。
黄河归故，顾名思义，即黄河回归原来的河道。１９３８年５月１９日，侵华日军占领徐州之后，继而沿陇海铁路继续西犯。蒋介石为了阻止日军的西进，悍然下令将黄河花园口大堤炸开。滔滔洪水向东南方向奔流直下，经淮河入洪泽湖，部分注入东海，致使黄河改道，豫皖苏３省４４县的百姓４００多万人外逃，８９万人死亡，无数村庄被毁，造成黄河历史上一场空前浩大的劫难。
１９４５年８月日本投降后，蒋介石准备改黄河水回归原来的故道。表面上，这是为遭受多年黄河水之苦的黄泛区人民造福，而实际上，是企图用黄河水作为“天然屏障”，用对付日本人的办法来对付共产党的进攻。因为黄河花园口以下河道除开封和济南两地外，其余均在解放区内。
中共中央深知，黄河归故后会对冀鲁豫和山东解放区带来洪水威胁，内战爆发后更是对战局不利。为了免除豫皖苏黄泛区人民的水患之苦，中共中央表示，在不使故道下游发生水灾的前提下，同意黄河归故，并为此成立了黄河故道治理委员会，同时授命冀鲁豫行署代表中共与国民党谈判。时任晋冀鲁豫野战军第六纵队政委的段君毅出任行署主任。
时隔不久，解放区谈判代表赵明甫和成润陪同国民党黄河水利委员会委员长赵守钰和联合国救济总署(以下简称联总)的美籍顾问塔德等人对黄河下游故道进行勘察。沿河群众对蒋介石黄河归故的图谋十分不满，请愿抗议活动不断。在解放区的菏泽，请愿的群众拥到了他们的住地交际处，迫使他们不得不同意与解放区再次举行谈判。时间定在１９４６年４月１５日晚７时。
这次谈判由段君毅亲自出面，代表成员有行署副主任贾心斋、行署秘书长罗士高和渤海区政府代表刘季清等；国民党方面代表有赵守钰、陶述曾等；联总的代表塔德出席。
谈判一开始，解放区代表首先提出了三条：一、先复堤后堵口。待复堤、裁弯取直、整理险工等工程竣工后再行合龙放水；二、保证河道居民维护正常生活，新建村居民每人发给１０万元法币迁移费；三、解放区派人参加国民党统治区各级治黄组织。
谈判进行得非常艰难。对第三条，国民党方面死活不接受。考虑到谈判目的已基本达到，中共方面便不再坚持。但是，冀鲁两省修防处需设正、副主任两名，正主任由黄委会派，副主任由解放区派，这一意见最后仍以“双方电呈请示后再确定”。整个谈判持续了６个半小时，次日１时３０分才结束。
《菏泽协议》解决了一个十分重要的先复堤后堵口问题，而且救济费用也明确了由解放区负责发放，应该说是一个比较理想的协议。然而，就在协议达成的第三天，国民党方面就变卦了。他们首先在中央通讯社上发表了“黄河下游复堤工程两月内进行”的消息，接着又在国民党《中央日报》上宣称：“倘秋汛期不能完成堵复全部工程，政府方面不能负其全责。”段君毅闻讯觉得问题严重，立即派出代表到花园口与国民党代表进行交涉。国民党方面却拒不接受中共方面的意见。
鉴于这种情况，段君毅召开了行署紧急会议，让大家讨论如何对付当前的严峻局面。会上，大家对国民党的背信弃义非常气愤。有人主张将采石厂炸掉，断绝堵口工程的石料来源，让花园口的堵口工程进行不成；还有人主张待堵口工程进行到差不多的时候，出兵袭击花园口工地，将工程炸掉，这样就能确保解放区人民的生命财产安全。段君毅考虑到黄河归故事关重大，一面吩咐不可贸然行事，一面派赵明甫、王笑一到南京向周恩来汇报，同时抓紧布置沿河民工进行复堤工作。此间，段君毅又组织菏泽等地１５万人集会，抗议国民党单方面堵口，企图水淹解放区的罪恶行径。
５月１０日，中共中央发言人发表谈话：“坚决反对国民党蓄意淹没解放区的阴谋，要求国内外人士主持正义，制止花园口堵口工程，彻底实行《菏泽协议》。”
５月１３日，段君毅和贾心斋以冀鲁豫行署正、副主任的名义联名通电全国：呼吁全国各民主政党、社团及各界正义人士，为了解放区１２００万人民的生命，共同采取有效办法，制止国民党当局灭绝人性的阴谋。
段君毅和贾心斋的联名通电同中共中央发言人的谈话，一并登载在１９４６年５月１３日的《冀鲁豫日报》上，为揭露国民党单方面堵口的罪恶阴谋造成了一定的声势和影响。
周恩来亲自参加谈判／解放区做好战争准备
５月１５日，解放区代表赵明甫、王笑一在南京向周恩来作了汇报，周恩来非常重视。５月１８日上午，他亲自带领赵明甫和王笑一与联总、国民党行政院善后救济部署(以下简称行总)、水利委员会、黄委会等代表进行商谈，同日下午达成了六项口头协议，即《南京协议》。协议的主要内容为：复堤工作争取在６月５日以前开工，技术问题由黄委会统一规划，所需器材、工粮由联总、行总负责供给，不受任何军事、政治影响。器材物资供应事项在菏泽设立办事处，由中共参加。河道居民的迁徙救济由三方组成委员会负责处理，国民党政府派两人，中共派两人，联总派一人，行总派一人。花园口堵口工程继续进行，但以不使下游发生水害为原则。解放区代表提出一条保留意见：“大汛前打桩抛石以不超出河床两公尺为限。”
《南京协议》达成之后，赵明甫、王笑一即刻返回解放区，向段君毅等负责人进行传达。为了执行《南京协议》，段君毅决定复堤工作马上进行，号召沿河群众克服种种困难，赶在汛期到来之前完成复堤工程。经过各级政府的组织动员，西自长垣，东至山东长清共计１９个县的沿河民工２３万人，于５月２３日全线大动工，开始了复堤工程。时值麦收大忙季节，解放区的群众做到了麦收、夏种、修堤三不误。到７月初，黄河故道的大堤得到初步恢复。
解放区复堤工款用去８０亿元，然而国民党政府只同意拨付４０亿元，还迟迟不能到位。国民党方面声称经费紧张，百般推托。
６月２６日，蒋介石调动３０万兵力向中原解放区大举进攻，内战全面爆发。恰在这一天，下了一场大雨，黄河水位猛涨，国民党方面刚刚打好的四排桥桩被水冲走，桥身被冲断。王笑一将这个情况迅速告诉了段君毅。段君毅马上用电台向周恩来作了汇报，并告诉他：黄河水淹不了我们！
花园口汛期堵口失败，国民党政府为此撤掉了赵守钰黄委会委员长的职务。而解放区在第一阶段的复堤工程结束之后，愈加显示出黄河水利问题的重要。经过请示，段君毅宣布将黄河故道治理委员会改为黄河水利委员会，并由王化云担任主任，赵明甫任副主任，隶属冀鲁豫行署领导。
王化云刚上任不几天，段君毅就派他到开封与国民党行总、联总方面交涉复堤工款和救济款项诸问题。针对国民党和联总方面的胡搅蛮缠，王化云毫不示弱，针锋相对地声明说：“如果国民党和联总方面继续一意孤行，我解放区将采取必要行动，实行自卫自救，在河道内筑一道拦河横堤，不让黄河水东流。”事后，段君毅对王化云这一招大为赞赏，称他“有办法”。
王化云的话，着实让联总紧张。第二天，塔德便急忙乘飞机飞抵南京，后又追至上海，向周恩来陈述了开封谈判的情况。为了解决最迫切的问题，双方商定在上海再次举行谈判。
谈判中，周恩来义正严词地提出：河床居民３０４亿元的救济费绝不能减少!这个数字是解放区地方人民经过详细调查核实出来的。如果这个问题不能保证，最初我们也不会同意黄河改归故道。他还说，这个数字的四分之一可由我解放区地方政府负担，其余２２８亿元由国民党政府供给。国民党方面见周恩来态度强硬，便答应除１０月份之前支付８０亿元外，愿再提供７０亿元，陆续支付。周恩来要求在１０月份之前至少应拨付１００亿元，国民党方面仍表示难以接受。谈判无法再进行，只好暂时休会。
周恩来想在休会期间视察花园口工地，以了解解放区的复堤进展情况和反击国民党进攻的准备情况，特指示解放区工作人员管大同提前到冀鲁豫，通知张玺（时任区党委书记，对外身份是边区参议员）、段君毅和主管黄河的同志到开封，然后与王笑一、成润于７月１９日飞抵开封。
段君毅听说周恩来要见他，非常高兴，马上与张玺、王化云一起赶往开封。
７月１９日，周恩来在开封会见了张玺、段君毅等人。周恩来对大家说：“日本投降，让黄河水回归原来的故道是应该的，现在黄泛区淹没的百姓太多。一定要和国民党进行斗争，要注意斗争策略，争取主动权，但也不要寄希望于一纸协议。历史经验证明，国民党什么坏事都干得出来的。一定要抓紧时间修堤防，早做迁移河床居民的准备，时刻提防国民党当局的堵口放水。”
周恩来又委托张玺、段君毅转告刘伯承、邓小平：国民党打内战的决心已定，和谈肯定靠不住，让刘邓尽快做好打的准备。中央的部署是先让晋冀鲁豫野战军从陇海路出击，配合中原解放军突围，从而减轻苏中新四军方面的压力，其他战场视情况再陆续投入。
张玺、段君毅得到周恩来的指示后，即刻返程去见刘伯承和邓小平。刘伯承和邓小平已于７月１２日率领晋冀鲁豫野战军部分主力秘密到达了冀鲁豫地区。当听到段君毅转达的周恩来的指示后，他们立刻命令晋冀鲁豫野战军第三、第六纵队分别由邯郸和磁县两地向冀鲁豫地区开进，并当即决定成立晋冀鲁豫军区后方战勤总指挥部，由段君毅任司令员，赵健民任政委。这一天是１９４６年７月２０日。
堵口工程谈判未果／刘邓大军捷报频传
７月２１日，周恩来乘飞机由开封返回上海，２２日与国民党及联总方面继续举行谈判。
在接下来的时间里，刘伯承、邓小平指挥晋冀鲁豫野战军４个纵队进行了陇海、定陶、巨野三大战役，共歼敌４万多人，取得了巨大的胜利。段君毅是野战军的战勤司令员，这个时候，行署的工作除了黄河归故问题外，全部服从于战争，所以他又将主要精力用在了发动群众支援前线上。
１０月５日，正值巨野战役激烈地进行之时，国民党政府又决定花园口堵口工程再度开工，并下令５０天之内完工。
解放区的复堤工程虽已基本修复，但是由于国民党飞机不断袭扰，尚有多处整险和裁弯取直工程没有进行，黄河归故的形势依然十分严峻。在炮火连天的氛围中，段君毅又召开冀鲁豫行署、黄委会及沿河各专署、县、修防段负责人紧急会议，要求一定要在花园口合龙放水之前将沿河险工修复，以确保人民的生命财产安全。会后，段君毅授意王化云以黄委会的名义发表谈话，将国民党抢劫解放区沿河物资及用飞机轰炸解放区复堤工程等罪行一并告之于众，并号召沿河群众快速行动起来，实行自卫自救。
１０月２９日至３１日，刘伯承、邓小平指挥晋冀鲁豫野战军进行鄄南战役，歼敌９０００余人。１１月１９日至２４日，又进行濮滑战役，歼敌１．１万余人。
仗越打越大，而谈判成功的系数则越来越小。但如遇谈判斗争的机会，段君毅仍不愿放过。他知道，哪怕堵口放水多推迟一天，对战局就会有利一天；多争取到１万元的法币，就能够多给一个百姓解决苦难。
１１月１８日，美籍顾问塔德、国民党堵复局局长齐寿安、工程处长阎振兴及联总驻鲁西代表韩森（美籍）等人，以视察下游河床居民的迁移情况为名到了山东境内的张秋镇。段君毅听说后，立即带领贾心斋、王化云、罗士高、赵明甫、王笑一等前往张秋，当晚与联总、行总方面再次举行谈判。
在谈判中，段君毅措词严厉，指责国民党方面不遵守协议，不顾下游复堤情况，单方面决定５０日内完成堵口，而工款和河床迁移费又以种种借口不予拨付等，并直接指出国民党将黄河归故纯粹作为军事需要和带有不可告人的政治阴谋。基于当前的情况，他提出了３个谈判条件：一、花园口堵口工程推迟５个月以后进行；二、国方应付工款及救济费必须在１９４６年底交清；三、联总协助之物资由联总直接拨付，不必经国民党包办的行总机关。会议持续了７个半小时，最后不欢而散。
谈判没有取得进展，国民党花园口堵口工程却在加紧进行。段君毅一方面将张秋谈判的情况报告周恩来和晋冀鲁豫边区政府，另一方面抓紧组织民工对黄河大堤的险工地段进行整修。由于敌机不断对施工地点进行轰炸，段君毅提出白天修不成就晚上修，长时间修不成就短时间修，在这里修不成就在那里修。总之，在花园口堵口放水之后，黄河大堤绝不能出现任何问题。此外，花园口一旦合龙放水就会严重地影响战争的进展，所以他又指示各修防段要立即搜集船只，对１９３８年以前旧有的船只进行集中修补，再造些新的船只，尽可能多地训练一些水手，以备军用。
１２月１５日，国民党花园口堵口工程抛石平堵开始。１２月２７日，两条引河挖成，部分黄河水开始流入黄河故道。１９４７年１月２日，蒋介石指示水利委员会：“堵口工程务于元月５日完工，不可拖延。”
此时，刘伯承、邓小平指挥的巨（野）金（乡）鱼（台）战役也在激烈地进行中。国民党此举对解放军大踏步地进退形成了一定的障碍。为了拖住国民党主力使其不能北调，在巨金鱼战役结束不到１０天时间，刘伯承、邓小平又发起了豫皖边战役。此役，刘伯承、邓小平各带一个作战集团作战，战线较长。时值天寒地冻，黄河水将近１米深，不能泅渡，段君毅率领边区人民用三天的时间修出５座能通汽车运大炮的浮桥。
段君毅骑马的本领很高。这三天，他依靠一匹战马，日夜来往于５座浮桥的施工现场。那里的民工没有一个不认识他的，也没有一个说完不成任务的。
三天之后，豫皖边战役结束，共收复８座县城，歼敌９０００余人，缴获的大批物资和俘虏全部从浮桥上运往黄河北岸。战役结束之后，野战军主力全部撤到黄河以北休整。待部队过完黄河之后，段君毅又命令架桥单位将５座浮桥全部拆除。搭桥用了三天时间，拆桥只用了几个小时。刚刚拆完浮桥，国民党新五军的先头部队就到了黄河的南岸。然而，他们只能望河哀叹，却不敢向北涉足黄河半步。
３月１５日，国民党花园口堵口工程合龙，黄河水全部流入故道，致使故道被淹村庄达２３７个，土地２７万余亩。
刘伯承称赞段君毅：“我和邓政委早就说过，在这里什么困难也难不住你。”
１９４７年３月２２日，刘伯承、邓小平指挥晋冀鲁豫野战军第一、二、三、六纵和太行、冀南、冀鲁豫 ３个军区独立旅、基干团共１０余万人的兵力，编组成４个作战集团，在豫北平原的平汉线两翼展开大规模作战，史称豫北战役。
汛期即将到来，大战正在进行，既要确保黄河安澜入海，又要保障晋冀鲁豫野战军战役的后勤供应，两大历史重任落在了段君毅的身上。第一阶段的复堤工程万一承受不住汛期的洪水，后果实在是太可怕了。段君毅认为应在１９３８年的基础上对整个大堤加高培厚，以消除万一。他将这个想法与冀鲁豫边区党委的主要负责同志共同研究并向晋冀鲁豫边区政府作了汇报。晋冀鲁豫边区政府认为这个想法非常现实，是造福子孙后代的千秋伟业，理应很快动工，并决定组织太行、太岳、冀南解放区的人民前去支援。
４月２７日，豫北战役尚在进行之中，中央军委又电示刘伯承、邓小平：应在冀南和冀鲁豫两个方向同时准备足够的船只，以便随时可以从东面或西面渡河，转入战略进攻。接到电令，刘伯承、邓小平将冀鲁豫边区的党政军负责人张霖之、段君毅等召来研究对策。刘伯承对段君毅说：“我和邓政委已经研究过了，准备从你们那里渡河作战，时间大约在６月下旬，船只的需要量很大，这都由你负责，怎么样？”段君毅说：“小船倒有，大船很少。１９３８年之前的船只大部分都在，修理集中后即可使用，但是只能运送人员，能装载辎重的大船一只也没有，必须发动群众赶造。”邓小平说：“那就赶造，能赶造多少就赶造多少，大船越多，渡河越顺利。”
段君毅听罢刘伯承、邓小平的指示后，深感任务重大。他对刘邓说：“请刘司令员和邓政委放心，困难再大，我们也能克服，保证不影响主力过渡。”刘伯承听后笑着说：“我和邓政委早就说过，在这里什么困难也难不住你。”
段君毅接受任务后，马上召开了战指、行署和黄委会负责人会议，决定成立濮阳、濮县、范县、昆吾４个造船厂，造船总负责人由黄委会主任王化云担任。段君毅下达任务说：“在５月底以前，要造出２００只大船，两只特大船。大船每只能载２００人左右，特大船要载汽车、坦克和大炮。大船造好后要先试水，然后伪装隐蔽听候命令。”
５月初，晋冀鲁豫边区政府发出了对黄河大堤进行加高培厚的通知。为落实通知精神，段君毅与贾心斋于５月３日联名向冀鲁豫全区人民发出布告，号召全区同胞立即行动起来，修堤自救；要求同胞们一手拿枪、一手拿锨，用血汗粉碎蒋介石和黄河水的进攻。
此后，冀鲁豫边区的人民迅速行动起来，又一次掀起了轰轰烈烈的修堤热潮。不仅沿河的群众拥向大堤，就连不临黄河的茌平、聊城等地区也动员５万人赶来修堤。冀南解放区３万余众从数百里之外也来修堤，太行、太岳和东北解放区的人民虽然路途遥远不能前来，但也提供了大量的捐款。自５月１５日开始，３０余万修堤大军日夜奋战在工地上。至７月２３日，西起长垣、东至齐河，长达６００余里的河段普遍加高两米，培厚３米。在激烈的战争中，冀鲁豫边区人民确保了黄河的安澜入海。
５月１７日，国民党行政院发出第１８２６号训令，正式宣布与解放区代表断绝关系。是日，解放区代表被迫撤离开封。双方谈判的大门从此关闭。
５月２５日，豫北战役结束，共歼敌４．５万余人。战役结束后，刘伯承、邓小平将野战军主力一直隐蔽在汤阴、安阳一带休整。敌人摸不清解放军下一步的动向。
刚进入６月，４个造船厂就造出了１２０只大船和两只特大船。船试水以后，分散至各个渡口隐蔽起来。
６月１０日，刘伯承、邓小平再次召见了冀鲁豫区党政军负责人张霖之、段君毅、赵健民、王秉璋等人，询问渡河准备情况。段君毅汇报说：“大船目前已造出１２０只，同时在李桥、张庄、林楼、孙口、位山等５处设立船运大队，水手准备了３０００余名，一次可渡军８０００余人，一趟的时间大约在１０分钟左右；粮食、担架、支前民工均已安排就绪。”刘伯承、邓小平听完汇报，甚为满意。渡河时机已经成熟。
６月２２日，刘伯承、邓小平下达渡河作战命令。６月３０日晚９时 ，晋冀鲁豫野战军４个纵队共１０余万人，一举突破黄河天险，由此揭开了中国人民解放军战略进攻的序幕。