Illumina MiSeq高通量测序分析核桃内生细菌多样性

来源 :江苏农业学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户：hitlic2009

【摘要】

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应用Illumina Mi Seq高通量测序技术测定核桃内生细菌的16S r DNA-V4变异区序列,使用Uparse等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析内生细菌的丰度和α-

【作者】

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陈泽斌李冰王定康余磊徐胜光任禛靳松张永福彭声

【机构】

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昆明学院农学院,云南省都市特色农业工程技术研究中心,中国科学院昆明动物研究所,昆明学院生命科学与技术系

【出处】

：

江苏农业学报

【发表日期】

：

2015年5期

【关键词】

：

ILLUMINA MI Seq 高通量测序核桃内生细菌多样性 high-throughput sequencing walnut endophytic

【基金项目】

：

国家自然科学基金项目(41361056),云南省教育厅科学研究项目(2014Y390),云南省都市型休闲农业工程技术研究中心项目(XXNY1402),昆明学院大学生科学研究项目(XJD15054),云南省高校优势特色重点学科(生态学)建设项目

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应用Illumina Mi Seq高通量测序技术测定核桃内生细菌的16S r DNA-V4变异区序列,使用Uparse等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析内生细菌的丰度和α-多样性。获得了用于分析的有效序列63 183条,OTU数为103。稀释曲线表明测序深度充分,OTU数量接近于饱和。核桃样品的Chao1指数为105.143,Shannon多样性指数为1.823。核桃内生细菌主要分布于鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas,27.27%)、盐单胞菌属(Halomonas,2

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