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面向高端应用的高效能计算机一般具有高性能、高集成度、高热密度、高复杂性的特点,其研制是一项复杂的系统工程。每一环节,存在功能、性能、可靠性等相互制约但需同时兼顾的多个目标。在实践中这些方面的权衡设计如何以有序的方式展开,是一个亟待解决的关键问题。提出了可靠性与功能、性能权衡的设计方法,并应用到一款基于国产多核处理器的16路高密度计算机的自主研制中,软件仿真分析和系统实测验证了该权衡设计方法的有效性。