目的:对乌头的花、果实、茎、叶、主根、侧根进行转录组测序分析,以试图鉴别并表征非生物胁迫下参与萜类化合物生物合成基因,重点绘制其萜类生物碱合成路线图。方法:采用Illumina Hi Seq 2500平台测序,组装得unigenes,经公共数据库比对、注释后获得差异基因,通过QRT-PCR检测参与萜类生物碱合成代谢的重要基因在转录水平上对干旱、低温和机械损伤等的应激响应。结果:测序后共获得9 836 247个contigs、262 318个transcripts、103 338个unigenes,经同源性分析表明其中37.31%(38 554个unigenes)与其他生物具有不同程度的同源性,通过功能分类研究及代谢途径分析(KEGG)获得参与萜类合成的序列158个unigenes,确定了5条参与萜类生物碱合成的途径。结论:该研究从分子水平上探讨乌头萜类次级代谢途径应答环境因素的原理,进一步证明了萜类生物碱合成代谢途径可能受干旱、低温和机械损伤等生境因素调控,可更好地了解附子、川乌质量形成的分子机制以指导乌头的农业化栽培管理。