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采用中国四大经济区2000-2012年的数据，运用面板数据模型分析了自主创新对经济发展方式转变的作用：协整检验显示两者之间存在长期均衡关系，ECM模型也表明两者之间存在密切的因果关系；自主创新对经济发展方式的转变在短期和长期都有着积极的正向作用，但不同区域又存在显著差异；自主创新对需求结构、产业结构、要素结构及环境保护等经济发展方式转变的具体层面也都具有显著的促进作用，但也存在区域差异。本文最后提出相关对策建议。