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介绍了一种基于NIOSII软核的医用嵌入式主控系统的设计方法。从系统的总线时序、时钟架构以及复位管理几个方面详细探讨了可编程片上系统（System On a Programmable Chip,SOPC）的优化措施,并针对性的就提升系统实时性和稳定性提出了几个解决方案。最后根据系统调试经验,从自定义逻辑、自定义指令以及紧耦合存储器的实际运用中总结了几种有效的提升系统执行效率的方法