目的:应用计算机系统生物学方法预测生脉散的分子靶标,并为生脉散的分子机制提供线索。方法:采用TCMGeneDIT数据库系统,文本挖掘人参、麦冬、五味子各自所能影响的基因或蛋白质数据;收集生脉散中五味子醇甲、五味子醇乙、戈米辛D、五味子乙素、γ-五味子素、20(S)-人参皂苷Rh、人参皂苷Rk3等14种血中移行成分,采用Accelrys公司Discovery Studio 2.5版完成分子构建,并上载至PharmMapper服务器进行靶标预测;从BIND,BioGRID,DIP,HPRD,IntAct,MINT等分子相互作用数据库中收集与预测靶标有直接相互作用的蛋白质,进行综合分析。结果:已有的实验发现,五味子有10个血中移行成分,人参只有4个血中移行成分;人参与55个基因相关,五味子与1个基因相关,没有基因与麦冬相关。人参的4种血中移行成分不但可直接作用于实验证实的靶标,还能影响相关靶标发挥广泛的生物学效应。五味子的10种血中移行成分只能通过影响相关靶标而发挥间接的治疗作用。结论:结果可为生脉散的后续研究提供有用的线索,促进生脉散的分子作用机制研究,为中药复方的系统研究提供参考。