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赣南医学院基础医学学科为江西省高校“十二五”重点学科和硕士学位授权一级学科,下设人体解剖与组织胚胎学、免疫学、病原生物学、病理学与病理生理学、法医学、医学生理学、医学生物化学与分子生物学等7个二级学科。公共卫生学科为硕士专业学位授权学科。学院已形成了炎症与癌症的免疫学机制研究、神经内分泌调节的研究、代谢性疾病的基础研究、肿瘤的液体活检技术研究、环境毒理机制研究等5个稳定的研究方向,整体实力已步入省内基础医学学科的前列,部分研究领域达国内先进水平。