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新生儿出生后立即通过母体产道细菌和外界细菌群影响而产生肠道细菌群。经研究报告显示，婴儿的早期肠道菌群对其以后消化系统的发育有着重要的影响作用；对于婴儿肠道菌群的定植形成、分娩方式与喂养方式都有着重要影响。自然分娩配合母乳喂养后的婴儿在肠道发育方面相对更好，而剖宫产的婴儿菌群形成明显延迟，且会降低母乳喂养双歧杆菌和乳酸杆菌等有益菌的水平。