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家禽肠道内的细菌种类和数量受很多因素的影响。由于能够同时影响肠道生态系统的各种相互作用极为复杂，因而单个作用的影响结果难以做出评估。一般来说，使用低剂量的抗生素可以减少肠道内最敏感型细菌群落的数量，同时又能加快耐药性细菌的生长。同时，饲料的营养组成和当地饲料原料的可利用性以及季节的变化都将影响家禽肠道菌群的组成。