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选取来源于大肠杆菌O157： H7全基因组DNA序列随机转录的3条RNA片段，通过RNAComposer进行结构预测，30个核苷酸的RNA片段均形成了特定的空间结构，构象与碱基排列的序列特异性有关。 NPDock可用于RNA－蛋白质相互作用的分子模拟预测，蛋白质的β－结构相对α－螺旋更容易裸露出特定氨基残基的特异性侧链基团，从而易于结合抗原等配体。