石洞的尽头有个瀑布，在蓝色月光的照耀下，瀑布张开了一个漩涡，将笨笨他们，以及追赶而来的格格巫和阿兹猫卷了进去。待大家回过神来时，已经穿越了瀑布来到纽约的中央公园……
　　 帕特先生在纽约一家护肤品公司工作，苛刻的女总裁奥黛尔刚刚提升帕特为营销主管，条件是帕特在两日后的品牌推广会上拿出让奥黛尔满意的设计。帕特心事重重地从中央公园的会场拿回家一盒资料。他还不知道，六只蓝色的小精灵为了躲避格格巫和阿兹猫，早已经藏身在盒子里。
　　 晚饭后，帕特在盒子里发现了蓝精灵，他简直不敢相信，只在比利时传说中听过的精灵会出现在自己家中。六只精灵看到电饭煲煮饭也要兴奋地大呼小叫，让帕特越发心烦，可他的妻子格蕾丝却非常欢迎这些可爱的客人。
　　 躲在帕特的家里，暂时摆脱了格格巫的追捕，蓝精灵们开始寻找回家的办法。蓝爸爸回忆，只要调配一种特殊的药水，在圆月之夜念出咒语，就会让月亮暂时变为蓝色。蓝色月光能够打开那个漩涡，让他们回到森林。为了观测月亮，他们需要一个高倍望远镜。
　　 蓝色的小家伙们跑到超市去偷望远镜。在超市里购物的孩子发现了试图爬上电梯的笨笨，笨笨只好一动不动伪装成玩偶。孩子们一窝蜂地争抢这个可爱的“玩偶”，争执中抓痛了笨笨，笨笨一声惊叫跳到地上，撒腿就跑。这下惹来了更多孩子们的注意，他们翻遍超市的角落寻找这个可爱的小家伙。
　　 很快，正在玩具区偷芭比娃娃裙子的蓝妹妹也被孩子们发现了。紧接着，蓝爸爸、聪聪和勇勇也暴露了目标。更倒霉的是，在橱窗前闲逛的厌厌被格格巫发现，这个恶巫师带着他的阿兹猫杀进了超市。
　　 帕特和格蕾丝、格格巫和阿兹猫，再加上一群孩子在超市里四处寻找蓝精灵，超市里人仰马翻乱成一团。幸好帕特略施小计，将格格巫关在电动门外，又用纸盒扣住阿兹猫，趁乱救走了蓝精灵。
　　 拿到了望远镜，离回家的路更近了一步，笨笨和蓝妹妹他们几个开心地在屋子里跳来跳去。他们给帕特夫妇描述蓝色月亮的美丽，正忙着策划广告的帕特受到启发，设计了一个以蓝色月亮为主题的海报。海报非常漂亮，可是帕特却没有信心，因为这并不是老板奥黛尔喜欢的风格。
　　 笨笨边唱边跳，在帕特的电脑键盘上绊了一跤，踩到了几个按键，竟把没有经过奥黛尔确认的蓝月亮海报发给了公司的广告部。第二天一早，全城的广告海报还有各大商场的霓虹灯，都用蓝色月亮替换了公司原来的“性感红唇”海报。
　　 帕特被奥黛尔痛骂，但却来不及解释，他要去寻找蓝爸爸。蓝爸爸为了掩护大家，落入格格巫的手里。他舍出了自己，为大家换取逃回森林的时间。可没有蓝爸爸，蓝精灵们还能快乐地生活吗？
　　 蓝爸爸被囚禁在格格巫的临时城堡里。只需用一根蓝爸爸的胡须，就可以使格格巫炼制出一滴神奇的蓝色药水，魔力足以瞬间毁掉一座房屋。若是蓝爸爸全身都被用来炼制药水，恐怕格格巫的魔法足以毁灭地球。
　　 就在蓝爸爸快要绝望时，帕特找到了格格巫的城堡。他们兵分几路，聪聪代替蓝爸爸念诵了开启蓝色月亮的咒语。月亮变为蓝色，隧道打开，整个村子的蓝精灵都赶来解救蓝爸爸。
　　 但是，精灵们还是敌不过提升了魔法的格格巫。就在大家陆续被抓的时候，勇勇驾驶玩具飞机从空中冲下来，抢走格格巫的魔杖。魔杖刮到了勇勇的螺旋桨，被弹飞到空中，站在围墙上的笨笨和格格巫争抢着去接魔杖。
　　 看见平时走路都会摔倒的笨笨想要抢夺魔杖，大家几乎绝望了。可是奇迹发生了，这一回，尽管笨笨再一次在关键时刻摔倒，却紧紧抓着魔杖不放。魔杖发出蓝色光线将格格巫弹出千米之外，不见了踪影。这下子，笨笨成了英雄，尽管他的冒失害得大家频陷危机，但最终还是没放弃努力，解救了全村的精灵。
　　 告别了蓝精灵，帕特接到老板奥黛尔的电话。奥黛尔特地感谢他——在张贴蓝色月亮海报的当晚，天空中就出现了蓝色的月亮，这不仅让推广会上的奥黛尔大出风头，也使得公司的品牌受到全城的关注，奥黛尔还要给帕特加薪呢。