小型农田水利建设是农业发展的最基础条件，是实施农业可持续发展的关键，在抗御水旱灾害、发展粮食生产、改善农民生产生活条件、促进农村经济和社会发展等方面发挥着十分重要的作用。2011年中央一号文指出，健全农田水利建设新机制，要大幅增加专项补助资金和切实增加农田水利建设投入，引导农民自愿投工投劳。加快推进小型农田水利重点县建设，加强灌区末级渠系建设和田间工程配套，促进旱涝保收高标准农田建设。
　　1.当前小型农田水利工程建设存在的问题
　　1.1工程建设不按规划实施，部门配合意识不强 有些小型农田水利工程建设存在很大的盲目性、随意性，许多部门没有按照行业部门的规划分步实施，导致在工程技术、合理开发和社会经济效益等诸多方面不能互相兼顾。例如，同样是水利工程项目，虽然有相关的行业规划作为指导，但是农田水利、国土整治、土地治理以及标准农田建设项目的实施都是在各单位和部门内的规划、计划的指导下进行，没有统一的安排和布局，而各部门对实施的项目和要求都不一样，甚至规划、设计和工程管理技术水平相差很大，因此会出现工程重复建设、半段工程以及工程纠纷等问题，造成了规划无序、施工无质、管理无度、科技含量低，这样工程实施后难以达到预期的综合效益。
　　1.2管理粗放，建设标准低 资金短缺导致部分水利设施建设标准低，建成后管理粗放或没有落实单位管理，致使工程损坏严重，造成工程过早地失去其工程效益。
　　1.3工程建设缓慢，影响农业生产 工程建设管理水平低，施工队伍不规范，监理制度不健全，工程不能在农业生产开始之前完成，以及建设过程中的纠纷问题，导致建设进度缓慢甚至长期拖延。同时施工存在质量问题，工程建设质量达不到生产的要求，对农业生产造成不良影响。
　　2.加强工程规划、建设与管理的措施
　　2.1建立管理机制，完善建设程序，提高科学管理水平 农村中小型农田水利工程内容广泛，应实行统一管理，合理规划布局，完善建设程序，根据先申请规划审批，再建设施工，后验收交付使用的原则进行，广泛宣传，科学管理，使各地农村中小型水利工程建设不断向规范有序的方向发展。同时，积极整合项目，以县级农田水利规划为依据，按照“渠道不乱、用途不变、优势互补、各记其功、形成合理”的原则，积极整合各项资金，统筹安排、集中使用。
　　2.2严格按照项目法人制、建设监理制和招投标制要求进行工程建设管理 加强对原材料、中间产品及工程质量管理，实行施工单位自检、监理单位抽检、建设单位复检的“三检制”，并建立和健全建设单位负责，监理单位控制，施工单位保证，政府部门监督的质量保证体系，针对小农水项目点多阵线长的特点，在具体实施上采取县、乡、村三级管理。
　　2.3加强小型农田水利技术力量 水利人才是工程建设的保证，必须重视水利人才队伍的建设，在工程实施中要让技术人员充分参与工程建设管理和加强锻炼，增强技术人员对农田水利的设计、施工、管理和服务能力。同时，选派责任心强的农民义务监督员，进行业务培训，通过培训，使农民义务监督员掌握基本的工程质量监督技术。
　　2.4全面加强对现有水利工程的使用管理和维护 要使现有水利工程长期充分地发挥其经济效益，并对以后水利工程建设起到参照示范的作用，加强对已有工程的使用管理和维护就显得尤为重要。一是工程设施管理。对小型水利工程设施，登记造册，绘制工程分布图分类排列，对重点工程实施挂牌，设专人重点管理，落实目标责任制，确保已有工程设施管理安全。二是经费管理。制定合理的工程维修养护费标准，根据具体情况向受益者和受益单位征收一定的费用，用于工程维护；推行义务工制度，接受受益人或者单位的义务工。按照“谁建设、谁管理、谁受益”的原则，用好经费，做好项目建成后期管理工作。三是小型水利工程建设具有较强的地域性质，因而不能以偏概全地按一个模式或经验进行水利建设和监督管理，而应从本地的实际情况出发，结合当地的地质、气候和人文环境，建立和健全具有地方特色的小型水利工程建设监督管理体制，为当地农业发展和农民日常生活服好务。