大骨节病和骨性关节炎差异基因的互作网络分析研究

来源 :中华地方病学杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户:caizilovenvfei
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的

采用蛋白互作网络分析研究基因芯片数据,构建大骨节病(Kashin-Beck disease,KBD)和骨性关节炎(osteoarthritis,OA)差异基因互作网络图并对筛选的网络进行分析。

方法

依据《大骨节病诊断》标准,选择Ⅱ和Ⅲ度KBD患者8例,WOMAC诊断OA 7例,经关节清理术和关节置换术收集关节软骨,采用美国安捷伦4 × 44K基因芯片进行差异基因筛选;将筛选出差异表达<或> 2倍的1 055个差异基因的表达数据导入STRING 9.1在线数据库进行分析,绘制差异基因互作网络图,并将互作网络数据导出到Cytoscape 3.2.1软件中,筛选出网络中心节点。采用KEGG等数据库进行信号通路分类及基因功能研究,并用实时荧光定量PCR (RT-PCR )进行验证。

结果

①334个KBD和OA差异基因编码的蛋白经STRING 9.1筛选存在相互关系,并构成互作网络图;②Cytoscape 3.2.1对网络的中心节点进行分析,筛选出10条以上通路的中心节点基因约150个,主要涉及线粒体功能、骨代谢及炎性因子等多条信号通路。

结论

本研究构建出KBD与OA的差异基因互作网络,尤以网络中心节点差异基因为特点,对KBD与OA发病机制的异同、早期诊断及靶向治疗均具有重要意义。

其他文献
儿童骨髓增生异常综合征(myelodysplastic syndrome,MDS)与成人MDS相比具有不同的分子生物学特征,一些常见的髓系肿瘤突变在儿童MDS中的发生率较成人患者低,而异常甲基化的发
缺氧缺血可导致严重的神经系统疾病,如脑卒中、新生儿缺氧缺血性脑病.诱导型一氧化氮合酶在缺氧、缺血过程中被诱导表达,产生过量一氧化氮,导致神经系统的炎症反应及神经元死
期刊
@@
目的评估应用DNA条形码技术鉴定不同地理区域物种的可行性。方法选取内蒙古自治区3个鼠疫自然疫源地4种鼠疫宿主动物的DNA条形码进行比较,分析GC碱基含量和密码子偏好性、计算遗传距离,采用邻接法(NJ)构建分析系统发育树。结果不同疫源地的五趾跳鼠GC碱基含量比较差异有统计学意义(F= 5.34,P < 0.05),长爪沙鼠疫源地五趾跳鼠的GC碱基含量变异较大,与其他疫源地五趾跳鼠比较差异均有统计学意
期刊
@@
作者报告三个全新的观点:1.西藏大骨节病病区骨病构成十分复杂,有多种骨病并存,应注意鉴别;2.西藏大骨节病的临床表现与内地有本质区别;3.在西藏存在大骨节病新的临床亚型,即以"肱骨短小、身材矮小和手足正常"为主要临床表现的特殊类型。本发现使得对大骨节病的认识更为深刻而全面,对大骨节病的研究和防治具有重要意义。
期刊
@@
期刊
@@
目的:探讨亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)基因SNP位点rs1801133(677 C>T)、5-甲基四氢叶酸高半胱氨酸甲基转移酶(MTR)基因SNP位点rs1805087(2756 A>G)多态性与地方性砷中毒易感性的