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遗传基因组学（genetical genomics）是将微阵列技术和数量性状座位（QTL）分析结合起来，全基因组水平上定位基因表达的QTL（eQTL）．它为研究复杂性状的分子机理和调控网络提供全新的手段．遗传基因组这个概念和研究策略在2001年由Janson和Nap首先提出，到目前为止，遗传基因组学已应用于酵母、老鼠、人以及玉米等植物．研究结果表明：基因表达水平的差异是可遗传的复杂性状：eQTL可以分为顺式作用eQTL和反式作用eQTL，顺式作用eQTL就是某个基因的eQTL定位到该基因所在的基因组区域，