板栗是中国重要的木本粮食作物，具有极高的经济价值，但板栗雄花比例远远高于雌花，是限制板栗产量的主要因素。为了从分子水平上探讨板栗雌雄花的发生机制，本研究利用高通量测序技术对休眠期后板栗的两种混合花芽的转录组进行比较分析。总计获得了3 772个差异表达基因，其中2 173个基因上调，1 599个基因下调。这些差异基因经过GO分类和KEGG pathway富集分析分别归类于47个GO term和251条代谢途径。从转录组数据中获得了春化、光周期、赤霉素(GA)等途径的开花相关基因，还鉴定多个开花相关内源激素途径的基因。将基因VIN3，GAI，ELF3，GID1的qPCR检测结果与其转录组测序结果进行比对，发现虽然两种检测结果在差异倍数上存在差别，但四个基因的表达量的总体变化趋势一致，说明转录组测序结果有较高的可信性。本研究结果为揭示板栗雌雄花性别比例调控机制和花期人工调控提供了一定的科学参考。