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[目的]掌握河南省猪等孢球虫的分子变异规律。[方法]从河南省豫东、豫南、豫西、豫北及豫中地区的部分规模化猪场采集粪便样品，进行猪球虫卵囊的分离与纯化；从分离到的8株猪球虫分离株中提取核酸并进行测序，并与猪等孢球虫扩增株基因序列及其他相关原虫基因序列进行比对。[结果]河南省不同地区的8个猪球虫株均为猪等孢球虫，并且没有明显遗传差异。I.suis与其他7种原虫差异较大，不属于同一个生物型，同一种动物所感染的不同种类原虫之间的同源性较低。[结论]该研究结果可为有效预防和控制仔猪球虫病提供科学依据。