国家科学技术进步奖，是为奖励在技术研究、技术开发、技术创新、推广应用先进科学技术成果等过程中作出创造性贡献而设立的一项国家大奖。2012年2月14日，由中国工程院院士吴以岭主持，以岭药业、北京佑安医院完成的国家中医药管理局专项课题“中药连花清瘟治疗流行性感冒研究”，获得2011年度国家科技进步二等奖，这是我国第一个获此殊荣的治感冒抗流感的中成药，也是以岭药业第五次获得国家科技进步大奖。为什么一个感冒药能获得国家科技大奖呢？
　　在抗击SARS的战役中诞生
　　连花清瘟胶囊当初开发立项是为了应对2003年那场突如其来的“非典”。2003年3月，“非典”疫情形势严峻，中国工程院院士吴以岭教授从北京参加完“两会”，立即回单位组织召开防治非典会议，他提出：“防治非典关系人民群众身体健康和生命安全，我们作为制药企业，要充分认识防治非典的重要性和紧迫感，为抗击非典作出我们应有的贡献。”随即，他带领科研团队，探索外感温病“阳络→经脉→阴络”的发病及病机传变规律，提出SARS符合中医学温热疫毒外侵，热毒袭肺，壅阻肺络的病机演变规律，为此制定了“清瘟解毒，宣肺泄热”的治法及连花清瘟胶囊的处方。他们向瘟疫挑战，与时间赛跑，在短短的15天内就完成了连花清瘟胶囊的生产工艺和质量标准的研究工作。同时，药理药效研究也在我国权威科研机构P3实验室开展起来。
　　P3实验室的科研人员从北京SARS患者肺组织中分离出SARS病毒BJ01株和Vero-E6细胞研究连花清瘟胶囊体外抗病毒的作用。实验结果表明，连花清瘟胶囊药物浓度大于0.09mg/ml，可明显抑制SARS病毒，这极大地鼓舞了研发人员的信心。同时在研发过程中，奔波在疫区一线的科研人员，每天都要服用该药配方，结果无一例被传染，这也证实了该药预防SARS病毒侵袭的良好作用。
　　由于该药是国内第一个防治非典的中成药，因此备受各界的高度重视，全国防治非典领导小组迅速组织了国内十几位中西医专家对其进行了评审，成为第一个获准进入国家药品快速审批绿色通道的药物。
　　在抗击甲流时发挥重要作用
　　连花清瘟胶囊在进行抗SARS病毒药效实验的同时，研发人员与国内多家权威科研院所合作，还开展了该药抗感冒病毒、流感病毒、禽流感病毒等一系列实验。这些实验证实，连花清瘟胶囊具有广谱抗病毒作用，对副流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒、甲型流感病毒H1N1、H3N2、H5N1、H9N2等多种病毒均显示出较强的抑制杀灭作用。
　　2009年一场甲型H1N1流感大流行扰乱了人们平静的生活，因为该病毒的高传染性，流感迅速蔓延，世界卫生组织将警告级别升到了最高级。当年的9月3日在河北省廊坊市东方大学城出现了甲型H1N1流感聚集性疫情，随即他们采用连花清瘟胶囊对病患进行治疗，并且让密切接触者及周围健康人群服用连花清瘟胶囊进行预防。自9月3日起确诊暴发病例住院隔离治疗，到9月17日暴发人群患者出院期间，廊坊市只确诊5名甲型H1N1散发病例，而连花清瘟胶囊预防用药的高危及重点人群均无一例发病。连花清瘟胶囊被卫生部列入了《人感染甲型H1N1流感诊疗方案（2009年版）》，在抗击甲流的战役中发挥了重要作用。
　　循证医学结果是最好的证明
　　循证医学研究是基于证据的医学，是近年来在世界范围内新兴起的最权威的一种医学研究方法。循证医学研究更为看重实实在在的证据，循证医学研究人员必须按照大范围、多样本和双盲实验这三个原则来收集证据，因此循证医学研究被称为最科学的药效评价标准，其研究结论也成为医生和患者最信赖的用药依据。
　　为此，2009年首都医科大学附属北京佑安医院为组长单位，启动了“连花清瘟胶囊治疗甲型H1N1流行性感冒”的循证医学研究，联合河南省传染病医院、湖南省疾病预防控制中心，沈阳市、成都市、济南市传染病医院等国内九家甲型流感收治医院，在全国范围内收集了大量病例，病例涵盖了各主要发病年龄段、各种症状的甲型H1N1流感患者。这些流感患者分为试验组和对照组，试验组患者每天按照标准治疗量服用连花清瘟胶囊，另一组患者则服用对照药物奥司他韦胶囊，即我们常说的“达菲”。这一循证医学研究被国家中医药管理局定为2009年中医药行业科研专项，世界卫生组织将此次研究在国际临床试验平台上进行了注册。研究结果令人振奋：第一，连花清瘟胶囊在抗病毒作用方面与达菲没有差异。第二，在缓解流感症状，特别是退热和缓解咳嗽、头痛、肌肉酸痛和乏力等症状方面，连花清瘟胶囊优于达菲。第三，从药物经济学角度看来，连花清瘟胶囊仅是达菲治疗费用的八分之一。
　　连花清瘟胶囊自诞生以来，无论是抗击“非典”、“甲流”，还是应对禽流感、乙型流感等传染性公共卫生事件，屡屡发挥重要作用，这为荣获国家大奖奠定了坚实的基础。