【摘 要】
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为了全面了解苦瓜转录组SSR位点特征和满足苦瓜分子育种对分子标记的需求,利用MISA软件对来自苦瓜材料'大沥-11'6个组织的59 740条转录组Unigene序列进行SSR位点搜索,共检测
【机 构】
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佛山科学技术学院食品科学与工程学院,佛山,528000;华南农业大学园艺学院,广州,510642
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为了全面了解苦瓜转录组SSR位点特征和满足苦瓜分子育种对分子标记的需求,利用MISA软件对来自苦瓜材料'大沥-11'6个组织的59 740条转录组Unigene序列进行SSR位点搜索,共检测出31 066个SSR位点,出现频率(发现的SSR个数与总Unigene数之比)为52.00％,平均每2.62 kb出现1个SSR位点.在苦瓜转录组SSR位点中,基元类型主要为三核苷酸,占总SSR位点的42.17％;其次是二核苷酸,占总SSR位点的31.66％.利用Primer 3软件对搜索到的苦瓜转录组SSR位点进行引物设计,然后把获得的引物序列比对回苦瓜的参考基因组,选择上下游引物序列都是唯一比对的序列并去除重复后共获得9 135对特异SSR引物.选择MC00上的232对特异SSR引物对'谭边大顶'和'华艺320'两个苦瓜品种基因组DNA进行PCR扩增,其中有219对特异引物可扩增出清晰的条带,有效扩增率为94.40％;有31对特异引物扩增产物表现出多态性,多态率为13.36％.本研究开发的苦瓜转录组特异SSR引物为苦瓜的种质资源分析、基因定位、分子标记辅助选择等理论与应用研究提供了引物数据参考.
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