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在新型农村合作医疗试点过程当中．各个试点县都根据当地情况设置了不同的补偿方案．在试运行一段时间后，大部分县对补偿方案做了调整，对起付线的调整是其中很重要的一个方面，如何调整起付线是新型农村合作医疗管理面临的一个问题。通过对全国159个样本县的起付线情况进行分组观察，运用统计学方法进行实证分析。最终，提出了起付线的设置方式和起付线的大小及相应的建议。