因人而异的个体化治疗没有乙肝家族史的青少年乙肝患者，抗病毒治疗可以首选干扰素；处于婚育年龄的乙肝患者，可以选用生殖安全性较高的核苷类似物抗病毒，例如替比夫定等。病毒载量较低（乙肝病毒DNA定量小于10⁵）的患者，可以首选阿德福韦酯；需要长期服用，病情处于肝硬化阶段的患者，可以首选恩替卡韦；拉米夫定耐药的患者需要加用阿德福韦酯或替诺夫韦。
　　抗病毒治疗要长期、规范乙肝病毒很难被彻底杀灭，无论是干扰素还是核苷酸类似物，都只能抑制乙肝病毒的复制，短期治疗（≤1年）停药后，患者的HBV DNA水平都会出现大幅度反弹，这就证明了乙肝治疗需要“长治”才能“久安”。规范用药也不容忽视。不遵从医嘱、擅自停药或换药，很可能会导致疗效不佳，甚至耐药，致使疾病进展。因此，治疗期间一定要做到长期用药、规范用药。
　　根据经济条件选择用药抗病毒治疗是一个长期过程，因而治疗费用也是我们在选择药物时要考虑的重要因素。如果在治疗初期选择价格昂贵的药物，而在治疗中期却由于经济负担过重而自行停药或换药，则会带来严重的后果，导致治疗失败而使疾病进展。目前国内批准上市的4种口服抗病毒药物拉米夫定、替比夫定、阿德福韦酯和恩替卡韦，都可以有效抑制乙肝病毒复制，但价格上相差较大。拉米夫定（贺普丁）月花费430元左右，阿德福韦酯（贺维力）590元左右，替比夫定（素比伏）750元左右，恩替卡韦（博路定）1200元左右。患者可以根据自己的经济条件选择能够承担的药物，坚持长期治疗。
　　根据疗效调整药物抗病毒治疗的早期疗效非常重要，治疗3个月时，如果病毒载量直线下降，预示治疗前景光明；如果病毒载量没有变化或升高，要及时更改治疗方案。判断抗病毒治疗的疗效，还要看它是否能够减少肝硬化和肝癌的发生，目前的4种口服抗病毒药物在抑制乙肝病毒复制和e抗原转阴上的效果都不错，但只有拉米夫定有超过10年的延缓疾病进展、减少肝硬化和肝癌发生的临床数据。研究显示拉米夫定抗病毒治疗3年，能够使肝硬化的发生率降低55%，肝癌的发生率降低51%；10年随访数据证实，75%的肝纤维化患者达到了组织学改善，其中18.8%患者的肝纤维化被完全逆转。因此，患者在选择抗病毒药物时更需关注长期的治疗效果。
　　密切监视药物引起的副作用核苷（酸）类似物引起的不良反应亦受到广泛关注。动物实验中致实体瘤的风险困扰着医生和患者，其他如肌病、肾毒性、周围神经病、乳酸酸中毒等，更是关注的焦点。这些由药物引起的副作用一旦出现而没有及时采取措施，很有可能危及生命。4种口服抗病毒药物中，拉米夫定已上市10年，适用人群最广，安全性较好。
　　定期检测很重要HBV DNA水平是预测疗效的重要指标。因此，乙肝患者在抗病毒治疗时要坚持定期监测，尤其是在半年（24周）这个关键时间节点。以拉米夫定为例，如果治疗半年时HBV DNA转阴，说明疗效很好，可以继续单药治疗；一旦发现HBV DNA大于10³拷贝/毫升，加用无交叉耐药的药物（阿德福韦酯）联合治疗疗效更好。2010年中国指南指出：发现疗效不佳，应该加药而不是换药。
　　其次是药物副作用的定期监测，如血CK值、肾功能等，发现问题及时处理。其他的检测还有乙肝五项、肝功能、B超和肝穿（肝穿刺活组织）等，对判定疗效和疾病变化都很有帮助。