【摘 要】
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目的 通过生物信息学方法,探究与儿童皮肌炎相关的差异基因,进一步阐明儿童皮肌炎的发病机制.方法 选取基因表达汇编数据库的基因表达芯片数据(GSE11083),利用R语言筛选差异基因.使用Metascape在线工具进行GO功能和KEGG通路富集分析,同时利用String数据库和Cytoscape软件进行蛋白相互作用网络分析,并筛选儿童皮肌炎发病的关键基因.结果 筛选出差异基因共179个,其中表达上调3个,表达下调176个.GO分析显示差异基因主要富集在中性粒细胞活化、自噬和抗微生物体液反应等生物学过程.KE
【机 构】
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510282广州,南方医科大学珠江医院皮肤科;南方医科大学第五附属医院;510282广州,南方医科大学珠江医院皮肤科
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目的 通过生物信息学方法,探究与儿童皮肌炎相关的差异基因,进一步阐明儿童皮肌炎的发病机制.方法 选取基因表达汇编数据库的基因表达芯片数据(GSE11083),利用R语言筛选差异基因.使用Metascape在线工具进行GO功能和KEGG通路富集分析,同时利用String数据库和Cytoscape软件进行蛋白相互作用网络分析,并筛选儿童皮肌炎发病的关键基因.结果 筛选出差异基因共179个,其中表达上调3个,表达下调176个.GO分析显示差异基因主要富集在中性粒细胞活化、自噬和抗微生物体液反应等生物学过程.KEGG分析显示差异基因主要富集在Fc受体介导的吞噬作用、T淋巴细胞受体等信号通路.筛选获得的5个关键基因为PTPRC、LAMTORl、CLEC12A、ITGAV和RAB5C.结论 通过对儿童皮肌炎基因芯片的生物信息学分析,PTPRC、LAMTOR1与CLEC12A等基因可能参与儿童皮肌炎的发病机制.
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