选用４ 个光温敏核不育系及５４ 个常规品种（ 系） ，按ＮＣＩＩ设计配制杂交组合，以籼粳特异ＲＦＬＰ标记及形态指数法检测供试品种（ 系） 的籼粳分化程度，研究两系杂交水稻主要性状一般配合力及特殊配合力与双亲籼粳分化的关系。结果表明，①多数品种的籼粳遗传分化和形态分化相一致，只有个别品种不一致；②组合间一般配合力方差大于特殊配合力方差，基因加性效应更重要；③亲本的一般配合力效应及其特殊配合力效应对Ｆ１ 具有明显的影响，且一般配合力效应与其自身表现明显相关，可根据亲本表现对其一般配合力进行初步选择；④双亲遗传距离对产量／ 株、穗数／ 株、粒数／ 穗、生物产量的一般配合力具有明显的影响；对粒数／株、结实率、生物产量、经济系数、株高的特殊配合力具有明显的影响；对Ｆ１ 各性状（ 生育期除外） 均具显著影响；⑤双亲适度的籼粳遗传差异是必要条件，还必须有较好的一般配合力及较大的形态差异才能产生强优势组合。