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用透射电镜观察入结肠小袋纤毛虫滋养体,纵切面呈椭圆或卵圆形。体表有突起和小沟,纤毛从小沟内发出。虫体腹面有一胞口,胞口处有纤毛束,纤毛排列很有规律,其轴丝微管的“9+2”结构很清楚。虫体有大小核各一个,大核多为肾形,小核球形或三角形.位于大核的凹侧。大小核均有双层核膜和核孔。胞浆内含有大量线粒体、食物泡和多糖颗粒。线粒体及粗面内质网分布在虫体的外周。