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基于统计特征的基因识别算法对较长的序列预测精度较高，但对于较短的基因序列识别精度仍然不理想。在分别研究基因序列的碱基组成成分、周期3性质、密码子使用频率和碱基位置相关性的基础上，提出了一种基于多种特征的基因识别算法。实验结果表明对于长度小于90bp（base pair）的基因序列，提出算法的平均预测精度比现有算法提高2．2％。