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1. 水芹斑枯病
①发病症状。水芹斑枯病又叫叶枯病，在田间发病较快，从9月下旬开始发生，可延续到次年3～4月。主要为害中下部叶片，严重时亦为害叶柄、茎和种子，在田间常和锈病混合发生。初期在叶片上产生淡褐色水渍状小点，以后扩大成近圆形至不规则形坏死斑，大小3～4毫米，周缘常具有黄色晕环，中央灰白至灰褐色，散生稀疏小黑点，即病菌的分生孢子器。严重时叶片干枯。茎和叶柄染病，初为浅褐色小点，以后形成略凹陷的近椭圆形坏死斑，有时龟裂，后期亦产生少量小黑点。
②防治方法。移栽后10天，可选用下列药剂之一喷雾：70%代森锰锌可湿性粉剂500～600倍液，75%百菌清可湿性粉剂600～700倍液，50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，70%代森联干悬浮剂500～600倍液，70%丙森锌可湿性粉剂600～700倍液，58%甲霜灵·锰锌可湿性粉剂500倍液，72%霜脲氰·锰锌可湿性粉剂700～800倍液，交替使用，一般每7天喷1次，共喷3～4次。
2. 水芹锈病
①发病症状。在水芹全生育期都可发生，可为害叶片、叶柄和茎。发病初期在叶片上产生许多针尖大小的浅黄色斑，呈点状或条状排列，以后转变成红褐至锈褐色。叶柄和茎秆染病，初为浅黄绿色点状或短条状隆起斑，破裂后散出夏孢子，有时表皮呈条状龟裂。严重时植株表面密布病斑，表皮破裂，使植株蒸腾量剧增，短时间内致茎叶坏死干枯。
②防治方法。发病初期，可选用15%三唑酮可湿性粉剂1500倍液，或70%代森锰锌可湿性粉剂1000倍液加15%三唑酮可湿性粉剂2000倍液，或25%丙环唑乳油3000倍液，或20%福·腈可湿性粉剂2000～3000倍液等喷雾防治，隔10～20天喷1次，连续喷2～3次。
3. 水芹褐斑病
①发病情况。高温多雨或高温干旱季节，夜间结露重，持续时间长，易发病。病害主要在叶片上发生，初生病斑黄褐色，后扩大成形状不规则、边缘不明显、大小不一的病斑，有的融合为较大斑块。病斑变为褐色或深褐色，常有煤污状霉层，最后叶片逐渐黄枯。
②防治方法。发病初期，可选用40%氟硅唑乳油8000倍液，或50%甲基硫菌灵悬浮剂800倍液，或53.8%氢氧化铜干悬浮剂1000倍液，或10%苯醚甲环唑水分散粒剂1500～2000倍液，或27.12%碱式硫酸铜悬浮剂500倍液等喷雾防治，交替用药，隔7～10天喷1次，连续喷2～3次，采收前5天停止用药。
4. 蚜虫
①为害情况。为害水芹的蚜虫主要有桃蚜、胡萝卜微管蚜、柳二尾蚜3种，常见的仅胡萝卜微管蚜1种，多在水芹苗期和旺盛生长期发生，集中在植株幼嫩茎叶上刺吸汁液，造成茎叶卷缩和发黄，对水芹产量和品质影响较大。
②防治方法。应掌握在受害水芹卷叶率5%左右时用药，可用50%抗蚜威可湿性粉剂2000～3000倍液，或10%吡虫啉可湿性粉剂1500～2000倍液，或10%烯啶虫胺水剂1500～2000倍液，或25%吡蚜酮悬浮剂2000～2500倍液，或20%甲氰菊酯乳油2000～4000倍液等喷雾防治。能灌深水的田块，也可采用灌水漫虫法防治，即先灌深水至淹没全田植株，再用竹竿将漂浮于水面的蚜虫、杂草向出水口围赶，最后清除至田外，整个灌、排水过程要求在3～4小时内完成，否则植株淹没过久会影响生长。
①发病症状。水芹斑枯病又叫叶枯病，在田间发病较快，从9月下旬开始发生，可延续到次年3～4月。主要为害中下部叶片，严重时亦为害叶柄、茎和种子，在田间常和锈病混合发生。初期在叶片上产生淡褐色水渍状小点，以后扩大成近圆形至不规则形坏死斑，大小3～4毫米，周缘常具有黄色晕环，中央灰白至灰褐色，散生稀疏小黑点，即病菌的分生孢子器。严重时叶片干枯。茎和叶柄染病，初为浅褐色小点，以后形成略凹陷的近椭圆形坏死斑，有时龟裂，后期亦产生少量小黑点。
②防治方法。移栽后10天，可选用下列药剂之一喷雾：70%代森锰锌可湿性粉剂500～600倍液，75%百菌清可湿性粉剂600～700倍液，50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，70%代森联干悬浮剂500～600倍液，70%丙森锌可湿性粉剂600～700倍液，58%甲霜灵·锰锌可湿性粉剂500倍液，72%霜脲氰·锰锌可湿性粉剂700～800倍液，交替使用，一般每7天喷1次，共喷3～4次。
2. 水芹锈病
①发病症状。在水芹全生育期都可发生，可为害叶片、叶柄和茎。发病初期在叶片上产生许多针尖大小的浅黄色斑，呈点状或条状排列，以后转变成红褐至锈褐色。叶柄和茎秆染病，初为浅黄绿色点状或短条状隆起斑，破裂后散出夏孢子，有时表皮呈条状龟裂。严重时植株表面密布病斑，表皮破裂，使植株蒸腾量剧增，短时间内致茎叶坏死干枯。
②防治方法。发病初期，可选用15%三唑酮可湿性粉剂1500倍液，或70%代森锰锌可湿性粉剂1000倍液加15%三唑酮可湿性粉剂2000倍液，或25%丙环唑乳油3000倍液，或20%福·腈可湿性粉剂2000～3000倍液等喷雾防治，隔10～20天喷1次，连续喷2～3次。
3. 水芹褐斑病
①发病情况。高温多雨或高温干旱季节，夜间结露重，持续时间长，易发病。病害主要在叶片上发生，初生病斑黄褐色，后扩大成形状不规则、边缘不明显、大小不一的病斑，有的融合为较大斑块。病斑变为褐色或深褐色，常有煤污状霉层，最后叶片逐渐黄枯。
②防治方法。发病初期，可选用40%氟硅唑乳油8000倍液，或50%甲基硫菌灵悬浮剂800倍液，或53.8%氢氧化铜干悬浮剂1000倍液，或10%苯醚甲环唑水分散粒剂1500～2000倍液，或27.12%碱式硫酸铜悬浮剂500倍液等喷雾防治，交替用药，隔7～10天喷1次，连续喷2～3次，采收前5天停止用药。
4. 蚜虫
①为害情况。为害水芹的蚜虫主要有桃蚜、胡萝卜微管蚜、柳二尾蚜3种，常见的仅胡萝卜微管蚜1种，多在水芹苗期和旺盛生长期发生，集中在植株幼嫩茎叶上刺吸汁液，造成茎叶卷缩和发黄，对水芹产量和品质影响较大。
②防治方法。应掌握在受害水芹卷叶率5%左右时用药，可用50%抗蚜威可湿性粉剂2000～3000倍液，或10%吡虫啉可湿性粉剂1500～2000倍液，或10%烯啶虫胺水剂1500～2000倍液，或25%吡蚜酮悬浮剂2000～2500倍液，或20%甲氰菊酯乳油2000～4000倍液等喷雾防治。能灌深水的田块，也可采用灌水漫虫法防治，即先灌深水至淹没全田植株，再用竹竿将漂浮于水面的蚜虫、杂草向出水口围赶，最后清除至田外，整个灌、排水过程要求在3～4小时内完成，否则植株淹没过久会影响生长。